1日：“國防部情報次長”金乃傑中將調任空軍作戰指揮部（原為空軍作戰司令部，自3月1日起更名為作戰指揮部）指揮官；曾任“國防部臺北駐美代表處”軍事協調組長王明義少將升任“國防部情報參謀次長”。

同日：黃國良少將接任“政戰局副局長”。黃國良少將，政戰學校二十一期、戰爭學院1986年班，擁有“中華科技大學”科技管理研究所及政治大學事業經營研究所雙碩士學位，歷任陸軍109師主任、陸軍總部眷服處處長、澎防部主任、總政治作戰局眷服處處長、十軍團政戰主任、後備司令部政戰副主任、福利總處總處長等職。

6日：香港媒體報道，陳水扁“終統”引發兩岸關係緊張，臺灣“國安”與軍方高層已向陳水扁建議，由臺灣中南部抽調三個戰略師的編制護衛臺北。

7日：臺“國防部”首度公佈目前大陸對臺導彈部署現況，總計有6處主要陣地、784枚導彈。

13日：臺灣“海岸巡防署”的300多艘艦艇的艇身英文名稱，從“R.O.C. COAST GUARD”（“中華民國海岸巡防隊”）改成“R.O.C. TAIWAN COAST GUARD”（“中華民國臺灣海岸巡防隊”）。

15日：“行政院會”通過“陸海空軍懲罰法修正草案”，將在“軍事法院”設置懲罰法庭。同時修法後將比照公務人員，改為“刑懲並行”，由懲罰法庭裁定後即執行懲罰，不必等待刑事偵審結果。

同日：“國防部長”李傑針對“終統”後大陸可能對臺採取的行動向“立法院”作項目報告。

16日：聯勤南港彈藥整修所進行待報廢三五火箭彈彈尾傳爆藥拆卸作業時，其中一枚的“彈尾管”碎片突然彈出，造成3位下士受傷。

同日：“國防部副部長”柯承亨表示，臺軍近年來已將“斬首行動”列為“漢光演習”演練項目之一；同時陸續往大臺北地區增調陸戰旅，並強化後備部隊戰力，目的均在防制大陸對臺實施“斬首”行動。

同日：臺灣軍方發言人劉志堅表示，臺灣當局考慮在臺灣聲稱擁有主權的太平島和東沙島恢復派駐海軍陸戰隊，但這不是既定的政策，而且沒有時間表。

17日：“立法院國防委員會”針對“國防二法運作檢討與策進”，邀請“國防部副部長”柯承亨進行業務報告。柯承亨指出，“國防軍事事務”目前在“國防部長”統合指揮軍政、軍令、軍備下，總成負全責，另依“國防二法”規定，由陳水扁行使統帥權指揮軍隊，責成部長命令參謀總長辦理一切軍事事務，由此可看出“國防部”已貫徹“國防一元化”精神及“軍隊國家化”目標。

19日：“總統府”直接“國防部”下達命令，要求其拆除軍營中所有蔣中正、蔣經國的銅像。

22日、23日：臺灣南部地區2006年度“全民防衛動員演習”（即“萬安29號”演習），在臺南縣網寮南營區舉行。

27日、28日：金門地區2006年度“全民防衛動員演習”（即“萬安29號”演習），在金防部鑒潭會議室舉行。

28日：臺向美採購的54輛AAV7兩棲突擊車在左營海軍總部舉行成軍典禮。這54輛突擊車，分別為AAVP7A1人員運輸車48輛、AAVC7A1指揮車4輛及AAVR7A1救濟車2輛。AAV7兩棲突擊車將取代服役超過30年的號稱“水鴨子”的LVTP5兩棲登陸車，將在臺北林口與高屏地區部署各27輛。

29日：“國防部副部長”朱凱生上將在“立法院國防委員會”答詢指出，外島部署會根據兩岸情勢發展進行檢討與調整，若在大陸威脅排除前，撤除外島駐軍，這是“自廢武功”。

同日：臺“國防部”最新發佈一項人事調動消息表示，“國防部”發言人劉志堅將被撤換，由“艦隊司令部政戰部主任”吳季方接任，而劉志堅將接替吳季芳擔任“艦隊司令部政戰部主任”一職，4月4日起生效。

31日：“國防部長”李傑表示，臺軍正在考慮撤回部分駐守在東沙島及太平島上的海巡署兵力，重新派出海軍陸戰隊進駐這兩個島嶼。

4月

1日：臺“軍事情報局局長“彭勝竹中將接任“空軍副參謀總長”，同時晉陞空軍二級上將。新任“空軍副參謀總長”彭勝竹係空軍官校1971年班畢業，美國戰院1983年班，歷任聯隊長、“侍衛長”、“空軍官校校長”、“空軍總部參謀長”、“軍情局局長”等職。

4日：“三項重大軍購案”第50次遭到“立法院程式委員會”封殺。

同日：臺灣軍方宣佈，臺軍將修改“兵役法”，涉及數十萬後備“士兵”的除役年限，將由現行的40歲除役，提前到35歲；未來臺灣士兵教召時間將從2.5天，增加為3.5天，幹部則維持不變。

10日-16日：由“國安會”主導、“行政院”參與的“玉山2號”政經兵棋推演展開，演練主要內容為“反斬首”，陳水扁親自主持、全程參與，以測試“府”“院”、“國安”高層的決策指揮應變能力。“玉山2號”演習共分2個階段、8種想定、170個狀況，4月10日至14日屬於第一階段，演練項目包括“預備開設”、“緊急開設”和“緊急集合”等；15日、16日則進入準戰爭狀況的第二階段推演，內容包含“大陸對臺海空封鎖”、“偽鈔攻臺”、“馬祖遭佔”、“美日撤僑”、“內部暴動”、“美國調停”、“對中宣戰”等7套劇本。

11日：“三項重大軍購案”第51次在“立法院程式委員會”遭到封殺。

同日：臺陸軍第十軍團所屬一張姓士兵在休假期間，持玩具手槍搶劫臺中縣新社鄉農會中興嶺分部160萬元新台幣後逃逸。

14日：臺灣“福衛三號”衛星在美國加州范登堡空軍基地發射。

15日：臺空軍2005年向美國購買的E2-K空中預警機，在屏東空軍基地舉行成軍典禮。陳水扁閱兵時臺軍軍旗突然折斷。

18日：臺“國防部”開放島內媒體參觀位於新竹湖口的臺軍裝甲兵學校，並首次對外公開由“中科院”研發的號稱是“亞洲唯一”的具備完整高階連網架構(HLA)功能的組合型戰車訓練倣真器，並由臺軍主力坦克車CM11在媒體面前進行全武裝演練。

22日：金門縣政府召開縣政發展研討會，與會的前“行政院長”郝柏村、福建省主席顏忠誠等，吁吁金門為非軍事區，由兩岸軍事對峙的第一線，變成兩岸交流的第一線。

24日：“國防部”軍事發言人室宣佈，“漢光２２號”演習于本日起實施電腦兵棋推演。

同日：臺灣軍方高層透露，陸軍裝甲、機步與衛戍等9個戰鬥部隊聯兵旅及“首都”憲兵衛戍部隊等重點部隊，都將在本月底完成換裝新式Ｔ91戰鬥步槍。

28日：臺灣智庫委託決策調查有限公司做的一項民調顯示，約76.9%的臺灣民眾贊成由臺美中三方會談，討論臺灣海峽的和平穩定；52%的臺灣民眾覺得如果中國大陸對臺動武，美國會出兵幫助臺灣。