1日：島內媒體報道，“中科院”秘密研發多年的“機場遙攻武器”，性能類似空射型巡航導彈的“萬劍彈”，不久前在九鵬導彈基地試射成功。臺軍方人士稱，該型導彈射程超過600公里，內含子母彈，可破壞機場跑道、導彈陣地，戰時部署在 IDF、F16等戰機上，能對大陸東南沿海軍事基地進行有效反制。

1日-5日：臺“國防部”實施2006年“軍紀教育周”，區分5個教育單元對全軍官、士、兵及聘雇人員進行教育，以有效降低違法、傷亡案件。

6日：東森電視臺透露，為達到“決戰境外”的戰略構想，增加臺灣防禦縱深，臺海軍司令部已決定在東引島配置岸射型“雄風二型”反艦導彈。一旦完成部署，可有效扼制大陸閩江口，臺灣將佔有制海軍事優勢。

10日：聯勤南港彈藥庫編號B29庫房內過期待報廢的155彈發射藥包發生自燃引發氣爆，導致2名士兵死亡，4名士官兵遭不同程度燒灼傷。

12日：陸軍司令部在龍潭營區舉行“武裝衝突法軍官團巡迴教育”，由“副參謀長”趙克達少將主持。

13日：陸軍專科學校49週年校慶。

16日：臺灣遠端導彈監視雷達項目通過系統評審。

同日：“政戰局長”吳達澎上將在“立法院”表示，面對中共的三戰（“法律戰、心理戰、輿論戰”），“政戰局”區分三個階段反制，以建構相關理論基礎、執行反“三戰”作為。

同日：“國防部後備司令部參謀長”李銘藤中將在“立法院”座談會中表示，後備司令部未來將在全臺設立10間“步槍射擊模擬教室”。

17日：臺灣軍方人士透露，針對大陸持續發展海軍軍力建設，臺軍已制訂了代號為“追風”的5年計劃，在5年內批量生產130枚“雄風Ⅲ”型超音速反艦導彈。

20日：陳水扁公佈“國家安全報告”，內容包括前言、臺灣的新安全環境、“國家安全的內外在威脅”、“國家安全策略”及結語五大章，共155頁。報告稱，臺灣將提升“國防預算”至GDP的3%，並將繼續推動“精進案”，至2008年前將裁軍10萬。

23日：臺灣媒體報道，美國國防部與相關“部會”今起將在華府負責軍事戰略研究的國防大學，邀集相關單位針對臺灣海峽發生緊急事態進行聯合兵棋推演，臺灣“國防部”高層證實，臺軍已獲邀派人參加，這是臺軍第一次赴美參與聯合兵推。

同日：臺灣向美採購的“基隆”號和“蘇澳”號兩艘“紀德級”艦組成的臺海軍第261戰隊成軍，首任戰隊長由臺灣原任“海軍官校教育長”、“海軍少將”汪能安接任。

25日-29日：臺灣軍方代表在華府與美國國防部官員舉行會議，討論向美國購買60架F-16C/DBlock52戰機。

26日：政治作戰學校在三軍官兵活動中心舉行“反三戰新書發表會”，由政戰學校校長歐復興中將主持。“反三戰”套書共有3本，分別為《中共對臺心理戰》（由政戰學校敵情係馬振坤副教授所撰）、《中共對臺輿論戰》（由淡江大學國際事務與戰略研究所王昆義教授執筆）、《中共對臺法律戰》（由“中國科技大學”國際貿易係何秀珍博士所著）。

31日：有消息報道，臺灣軍方日前正在秘密研究水雷戰，甚至期望潛至大陸沿海港口實施佈雷作戰，以圖阻止解放軍獲得“制海權”，實現臺軍所謂“海上阻絕戰略”。

同日：臺軍方透露，最近進駐桃園空軍基地一批美制F16戰機，這批Ｆ16挂載了最新的AIM120中程空空導彈。

6月

1日：“國防部”聯合後勤司令部慶祝創制60週年。

同日：“金門防衛指揮部政戰主任”原任“主任”鄭瑞堅少將調任“國防大學政戰主任”，遺缺由“國防部總政戰局文教處長”陳世團少將接任。

2日：臺灣媒體報道，多位臺空軍飛行員私下披露說，臺軍的“小牛B型”導彈早已陳舊不堪，射程竟然由原先的最短18公里“縮水”到只有9公里，甚至連一些普通的滑翔式航空炸彈都不如。

6日：臺灣軍方透露，為了進一步強化臺軍“反斬首”戰力，臺軍將把目前部署在金門的第584裝甲旅調回本島，加入負責臺島北部地區防務的第6軍團作戰序列。

9日：“國防部副部長”柯承亨表示，因應戰爭型態的改變，在戰鬥支援與勤務支援中，女性官士兵比率將隨之調增。

10日：據臺媒報道，近日“總政戰局長”胡鎮埔與媒體茶敘時指出，面對大陸的心理戰、輿論戰、法律戰“三戰”的“軟打擊”，未來政戰組織調整將強化作戰區的心戰部隊與能源，深化專業能力，原本在“精實案”裁撤的心戰部隊，將在這波組織調整中重新恢復。

15日：2006年“萬安29號”防空演習于該日起，將陸續在北、中、南、東及金門、馬祖、澎湖地區舉行。

16日：陸軍官校創校82週年校慶。

同日：臺“陸軍司令”胡鎮埔表示，臺陸軍將加速向“特戰化”與“聯戰化”作轉型發展。

17日：臺空軍737聯隊所屬Ｆ-５Ｆ（編號5381）戰機，在嘉義機場北方不遠處失事，機上正駕駛周傑偉中校死亡、副駕駛夏文裕中尉受重傷。

20日：美國最新一期《國防新聞》週刊（Defense News）指出，臺灣正在發展的中程彈道導彈，射程2000公里，可達北京，而生產計劃是30枚。

26日：臺軍在三軍軍官俱樂部舉行2006年下半年將官晉任暨授階典禮。共計有邱國正少將等13人晉任中將，王天宇上校等45人晉任少將，2007年7月1日生效。

26日-30日：臺軍在“漢光22號”演習實兵驗證階段初期實施“精神戰力教育”。

28日：臺灣“海巡署”派出3艘新型二代巡防艇舉行外海實彈射擊，並首度採用20機炮。

29日：“國防大學”舉辦“2005年國防部委託研究成果發表會”。

30日：島內媒體報道，一位網名為“外省幫副座”屈姓陸軍儀隊士兵，在網路發言“真想拿手上的槍往陳水扁的腦門子插下去”。