5日：島內媒體透露，2007年美國將出售2艘“奧斯普瑞斯級”掃雷艦給臺灣。

6日：臺陸軍三九化兵群在屏東地區舉行2006年度核安演習。

7日：漢翔公司代理總經理徐延年聲稱，漢翔公司已完成歷時5年的“強漢計劃”，成功實現AT-3教練機結構與性能的提升。

8日：島內媒體報道，為因應9月9日的“倒扁靜坐”，“憲兵司令”盧臺生從7日起親自坐鎮“總統府”指揮調度，防範“倒扁”活動失控。大臺北地區總共有10個“憲兵營”，大約6000名“憲兵”也已全面停休，全天候待命。

12日：為了推動士官制度，臺陸軍司令部專門設置總士官長一職。

11日：“國防部副部長”柯承亨稱美國方面將以“工業合作計劃”取代現行的單向式軍事採購。

18日：美國《國防新聞》週刊嚴厲批評民進黨當局的軍購過程充滿貪腐。

同日：臺灣檢調單位偵辦臺電公司變電所工程弊案，意外查出臺“陸軍司令部”計劃處副處長葉俊顯，涉嫌在承辦臺軍“捍馬”吉普車吊車附挂系統採購標案時，接受廠商賄賂。

28日：臺灣媒體近日報道，臺軍將於2007年部署“低層反戰術彈道導彈系統”(ATBM)。

10月

2日：“國防部長”李傑在“立法院”透露，臺灣空軍計劃編列160余億新台幣向美國採購66架F16C/D型戰機。

同日：《中國時報》報道，臺灣軍方經“漢光演習”電腦兵棋推演後認為，目前臺軍在臺灣西部的軍用機場，于臺海戰爭爆發後48小時內，就可能全數遭解放軍以導彈和巡弋導彈摧毀。在美軍建議下，臺空軍已計劃在戰時將半數戰機東移至花蓮和臺東兩個東部基地，從2007年開始並將花費近10億元新台幣將東部機場跑道從目前3條擴增到6條，以為戰時美日介入為贏得時間。

3日：臺媒體報道，為應因施明德領導的“倒扁”民眾在10月10日發動“天下圍攻”行動，臺軍方已秘密調派憲兵進駐臺北市保護陳水扁。

5日：陸軍司令部通資處在通信電子資訊學校舉辦“通資電戰法”研討會。

6日：陳水扁視察軍隊時，“憲兵”們不但高喊陳水扁是“大帥哥”，還說“你是我的巧克力”。

10日：臺灣媒體報道，臺軍IDF(“自製防禦戰機”的縮寫)“經國”號戰機發展出最新機型，9日上午在臺中清泉崗基地秘密試飛，目前在密集測試，最快2007年1月就會裝備臺軍。新戰機名稱也已經確定，不再叫“經國”號，改名叫“翔升”號。

14日：臺海軍軍官官校舉行建校59週年校慶。

16日：《聯合報》報道，臺“國防部”正建立“戰略部隊”，並在某一接近大陸的外島增建導彈陣地，往後按年度逐次增添部署“戰略武器”，作為直接攻擊大陸的發射臺。

同日：臺灣媒體透露，不管臺“國防部”推動的“翔升計劃”成不成功，臺空軍都已準備將“經國號”戰機移防東臺灣，逐步取代已服役超過33年的F5戰機。

18日：臺軍F16戰機首度挂載AIM-120中程導彈進行演習。

22日：最新一期美國《外交政策》雙月刊文章點名指出，臺灣是可能發展核武器的5個地區之一。

23日：臺軍八軍團以及屏東空軍基地一些軍官遭色誘而泄漏軍事機密，共有700多份戰車作戰檔案外流。

同日：臺軍方偵辦陸軍八軍團軍官涉嫌“泄漏防務機密案”，發現連屬“極機密”的反登陸作戰計劃也流入詐騙集團手中。

25日：臺灣向美國購買的另外兩艘“紀德級”導彈驅逐艦——“左營”、“馬公”抵臺。自此，以“基隆、蘇澳、左營、馬公”四個海軍港口命名的“基德級”艦，均已加入臺海軍261戰隊戰鬥序列。

同日：新竹縣湖口的陸軍部隊北區聯合測考中心105靶場，一名士兵誤踩一枚未爆彈，造成爆炸意外，共造成6名士兵受傷。

26日：臺灣軍方爆出特大性醜聞，10多名美男軍官兼職當男妓。

同日：臺軍新竹湖口陸軍裝甲旅發生爆炸意外，有多名軍人被40榴彈槍炸傷。

同日：美國“在臺協會臺北辦事處處長”楊蘇棣召開記者會，要求臺灣在秋天前必須通過“軍購案”。

30日：“國防部長”李傑聲稱，由於“三項軍購”遲遲不能通過，預訂於11月舉行的臺美“軍備交流會議”已經被美方叫停，美方稱要看“三項軍購”是否通過才能決定是否恢復美臺軍事交流。另外，臺灣當局要購買66架F16C/D型戰機的“鳳隼項目”也陷入僵局。

同日：臺“立院國防委員會”審議“國防部”主管預算。