1月
1日：呂秀蓮提出三點“藍海策略”，包括“臺灣和世界結合”、“兩岸關係結束‘非統即獨’的零合遊戲”、“認清優勢，臺灣將能在全球化中柔性崛起”。
3日：“考試院長”姚嘉文強調陳水扁是“真臺獨”。
“阿扁下臺！”登上“2006臺灣10大名言”榜首。
4日：即將接任國民黨秘書長的黨籍“立委”吳敦義和即將升任國民黨副主席的國民黨秘書長詹春柏會面，就職務交接進行了溝通。
行政院長蘇貞昌首度明確為陳水扁背書，認為馬英九的特別費案應該辦。
5日：因高雄市長選舉“走路工事件”，陳菊被臺檢方傳訊。
6日：面對2008年“總統”人選，“親蘇”的民進黨“新潮流係”表示，“不見得非支援蘇貞昌不可”。
7日：蘇貞昌表示，陳水扁已經否認要撤換他“行政院長”一職。
8日：呂秀蓮表示，到今天為止，她不想選“總統”。
2月
1日：扁當局再爆“金元外交”，“藍委”質疑扁是在為卸任後出逃島外鋪路。
“公務機要費”案檢察官陳瑞仁指出，陳水扁編造的所謂“甲君”部分是假的。
國民黨評估年底“立委”選舉選情，指出將“坐穩北中、力拼南部”。
2日：馬英九重申在“特別費案”中自己清白。
臺聯黨刊登廣告稱李登輝從未說過“棄獨”、“訪大陸”。
3日：“經濟部”聲稱要替“中油”“中船”等公營事業“正名”。
5日：二人職位互調，邱義仁任“總統府秘書長”，陳唐山任“國安會秘書長”。
6日：前民進黨主席施明德批陳水扁不願面對司法，年前紅衫軍會再有動作。
7日：民進黨主席遊錫堃在黨內提案要求，禁止黨員參與蔣介石紀念活動、禁止黨員向蔣介石肖像或其表徵致敬、禁止黨員參與相關宣傳或價值觀散佈。
親民黨擬由“國親聯盟”推馬英九代表藍軍參選2008。
8日：陳水扁稱，要完成“臺灣郵政”、“臺灣郵票”等新一波的“正名”措施。
國民黨廉能會完成調查報告，認定馬英九未貪污特別費。
9日：國民黨、親民黨批當局修歷史教科書竄改史實，擬三月份聲請釋“憲”。
10日：馬英九表示，臺當局推動的“正名”措施“危險又幼稚”。
26日：陳水扁聲稱，當局將逐步處理蔣介石的慈湖陵寢及中正紀念堂未來存廢等歷史問題。
27日：謝長廷表示，只要合作、團結，有助共生，不管他是第一名、第二名，都可接受。
28日：臺灣高檢署查黑中心發現呂秀蓮、邱義仁及蘇貞昌使用陳水扁撥給的機要費時，持用“顯然是私人花費”的發票核銷。
3月
1日：國民黨中常會公告，公佈國民黨主席選舉日程安排。
陳水扁向“中國鋼鐵”施壓，要求儘速“正名”。
針對是否參加2008年“大選”，臺“立法院長”王金平表示正在準備當中。
3日：大臺北地區有六成三民眾反對“行政院”拆除中正紀念堂圍墻。
5日：陳水扁提出了所謂的“四要一沒有”，國民黨、親民黨兩黨嚴正反對。
民進黨“總統選舉”初選展開登記。
6日：呂秀蓮正式宣佈參加民進黨內初選。
在臺當局強大壓力下，臺灣“中國鋼鐵”公司決定改名為“臺灣中鋼”。
7日：吳伯雄表示，他已向王馬兩人提出“依照機制或協調產生的‘總統’候選人，要邀請對方搭檔競選”的想法，兩人已有善意響應。
民進黨初選民調方式決定由陳水扁協調。
8日：吳伯雄正式錶態參與國民黨黨主席補選。
國民黨“立委”洪秀柱宣佈放棄爭取區域“立委”，參加國民黨主席補選。
9日：民進黨主席遊錫堃請假參選，並宣佈由中常委蔡同榮代理民進黨主席。
民進黨“立委”力挺陳水扁回鍋代理黨主席。
10日：因臺“國防部”一連串“去中正化”的政策，國民黨撤銷“國防部長”李傑的國民黨黨籍。
11日：民進黨主席遊錫堃要求“大選”候選人黨內協調結果未能出線者“不參選、不脫黨、要全力輔選”。
對於2008“大選”，“立法院長”王金平首度鬆口承認想要“王馬配”。
部分民進黨常委力拱邱義仁代理黨主席。
12日：臺當局將“國父紀念月會”改名為“總統府月會”。
邱毅爆料，“總統夫人助理”蔡銘哲涉嫌為扁嫂洗錢，總金額高達新台幣1.4億元。
13日：臺南地檢署將臺南市長許添財“特別費案”予以不起訴處分。
馬英九到政治大學參加研討會重申“五要”，反駁陳水扁的“四要一沒有”。
民進黨“總統”初選協調達共識，同意接受協調，並簽署承諾書，不會違紀或脫黨參選。
高雄市政府拆除中正文化中心“中正”二字及蔣介石銅像。
14日：高雄地院表示，若高雄市長選舉無效票數甚多，須重新選舉。
15日：臺“國防部長”李傑明確表示反對“臺獨”，反對陳水扁所提的“四要一沒有”。
“總統府”將放在正門大廳的孫中山半身銅像撤除，貫徹“去國父化”。
臺“中選會組織法”草案再度闖關失敗。
16日：黃俊英陣營表示，高雄市長選舉爭議票數多達1753張，將訴求選舉無效。
18日：“獨派”大佬辜寬敏明確力挺民進黨內“總統”初選民意支援度處於劣勢的遊錫堃。
27日：因涉嫌“喬臺視釋股”，國民黨“立委”要求“新聞局長”鄭文燦和“行政院長”蘇貞昌負責下臺。
民進黨中執會通過“總統”初選實行“府版”的低度排藍民調案。
29日：“高檢署檢察長”謝文定被撤換。
30日：“法務部”調動引發基層檢察官大反彈，高雄地檢署檢察長淩博志、雲林地檢署檢察長何明楨及臺中地檢署檢察長江惠民等五位“檢察長”拒任新職。
臺“法務部”決定重開檢察官人事審議委員會。
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