第三屆海峽論壇大會上國臺辦發佈了國家有關部委出臺的一系列惠臺政策措施，包括公安部對臺胞辦證減半收費政策，農業部、國臺辦新增國家級臺灣農民創業園政策，國家民航局增加兩岸客運航班舉措，等等；國家旅遊局發佈了大陸居民赴臺個人旅遊、福建居民赴金馬澎地區個人旅遊政策；國家發改委、海關總署在論壇大會上表示將對福建先行先試給予積極支援；國家新聞出版署宣佈了總署支援福建新聞出版業5條惠臺政策。
一、中共中央臺辦、國務院臺辦主任王毅12日在第三屆海峽論壇上，宣佈了大陸各有關部門惠及兩岸民眾的新舉措，涉及旅遊、航空、入出境、海西和平潭規劃、採購、農民創業園、交流基地、臺灣民眾在大陸就業、兩岸各類協議、食品安全等方面。主要如下：
1、積極實施方便兩岸人員交往的措施。
6月28日，兩岸將正式啟動大陸居民赴臺個人遊的第一批試點。兩岸雙方還同意開放福建居民赴金門、馬祖、澎湖地區的個人遊，並儘快協商具體實施安排。自6月12日起，計劃在廈門暫住1個月以上的非福建戶籍居民都可在廈門辦理赴金門旅遊。
截至2012年10月，廈門市居民赴臺個人遊實際成行9677人次，個人遊市場呈現平穩有序的發展態勢。自2011年7月29日啟動福建居民赴金馬澎個人遊以來，至2012年10月廈門市組團社受理福建居民赴金馬澎個人遊實際成行4579人次。
兩岸雙方商定大幅增加客運航班，使班次總量每週達到558班，一舉增加50％以上。大陸方面新增鹽城、蘭州、溫州、黃山4個客運定期航點，臺灣新增臺南為客運包機航點，新增臺南及高雄為不定期旅遊包機航點，兩岸客運航點總體上將增加到50個。此外，每年5月至10月期間，雙方航空公司可在每月20班額度內安排福建與澎湖之間的季節性旅遊包機。雙方十分重視兩岸民眾對直航票價的意見，同意將對北京、上海至臺北航線的票價進行調控。
7月1日起，大陸方面將全面下調臺胞來大陸簽注收費標準，總體降幅達50％。8月1日起，增加四川省公安機關為在大陸的臺胞補發、換發5年有效臺胞證；在哈爾濱、徐州、煙臺機場口岸增設臺胞簽注點
2、出臺擴大和深化兩岸交流合作的辦法。
在國務院今年3月批准海峽西岸經濟區發展規劃的基礎上，平潭綜合實驗區總體發展規劃有望于近期內出臺。兩個規劃都將在加強兩岸交流合作方面實施一系列先行先試的政策。
在福建福州福清、福建泉州惠安、河南焦作修武、廣西欽州欽南增設4個臺灣農民創業園。
在福建馬尾和青礁、白礁慈濟宮，廣東梅州，湖南芷江，海南保亭以及山東威海等六處新設海峽兩岸交流基地。
3、認真辦好為兩岸民眾謀福利的實事。
建立臺灣農產品銷往大陸的穩定、專業、高效的貿易平臺，實現對臺農產品採購的常態化。福州超大現代農業發展有限公司已在雲林縣設立了專門機構，並計劃陸續在臺灣中南部縣市增設一系列分支機構。一些大陸省市也採取了類似行動。中華全國供銷合作總社則將繼續通過其組織和網路，開展常態化的對臺農產品貿易。
大陸電子視像行業協會將於6月中旬再次組團赴臺集中採購。大陸海貿會也將於7月組團赴臺採購列入ECFA（兩岸經濟合作框架協議）早收清單的產品。
大陸將於今年11月1日施行新修訂的《個體工商戶條例》，明確規定臺灣地區居民可以在大陸申請登記為個體工商戶。大陸有關部門已經同意，臺灣居民可以參加大陸專利代理人資格考試。這些將為臺胞在大陸發展提供更多機會。
4、抓緊解決兩岸基層民眾關心的問題。
大陸方面希望儘快簽署兩岸投保協議，目前兩岸的商談總體進展順利。對於臺灣同胞關切的人身安全通報事宜，大陸各級主管部門高度重視。願本著以人為本的精神，積極對待，妥善處理。
大陸方面願繼續以積極的態度推進ECFA的後續商談。兩岸專家已就商簽兩岸核電安全交流與合作的協議展開有效協商，取得廣泛共識，希望能儘快達成協定。
兩岸雙方正在加強食品安全領域的溝通、協調與合作，強化監督查驗，嚴厲打擊各種違法犯罪行為。
二、國家新聞出版總署發佈了決定在福建先行先試的五條出版方面的惠臺政策，具體是：
1、對臺灣服務提供者在福建省設立從事包裝裝潢印刷品的印刷企業的最低註冊資本要求，比照內地企業實行；
2、允許臺灣服務提供者在福建省設立獨資、合資或合作排校製作服務公司，從事圖書的校對、設計、排版等印前工作；
3、允許臺灣服務提供者在福建省以獨資、合資形式提供音像製品（含後電影產品）的發行服務；
4、允許臺商在福建省設立獨資、合資或合作企業，從事音像製品製作業務；
5、對臺灣版權作品，福建省認可臺灣相關機構出具的版權歸屬證明。
