根據兩會披露的國務院機構改革方案，鐵道部將實行政企分開改革。此項改革對現有存量鐵道債以及今年新發行的鐵道債具有非常重要的意義。
首先，未來將由鐵路總公司擔負起鐵路建設運營及其相關的投融資等企業職能。鐵道部原有的行政職能和企業職能分離後，前者將由交通運輸部及其下屬的國家鐵路局執行，後者則由鐵路總公司來執行。除了併入交通運輸部統籌管理的擬訂鐵路規劃和政策的職責以外，由交通運輸部下屬國家鐵路局承擔的其他行政職能包括：擬訂鐵路技術標準，監督管理鐵路安全生產、運輸服務品質和鐵路工程品質等。而鐵路總公司則負責鐵路運輸統一調度指揮，經營鐵路客貨運輸業務，承擔專運、特運任務，負責鐵路建設，承擔鐵路安全生產主體責任等。顯然，由於交通運輸部及其下屬國家鐵路局的主要職責中都不包括鐵路的具體建設運營，因此與之相關的投融資活動很顯然會一併剝離到鐵路總公司。
其次，歷史鐵道債務形成的鐵路相關運營資產既有公益性質也有經營性質，因此我們預計在鐵道部存量債務處理上不會採取一刀切或者完全剝離的方法來進行。《國務院機構改革和職能轉變方案》中指出，國家會繼續支援鐵路建設發展，對於公益性線路以及公益性業務仍然會有補貼。我們的理解是，在明確區分現有鐵路相關運營資產的公益性或者經營性之前，國家仍然會承擔相關存量鐵道債務(主要是鐵路建設投資和機車購買所形成)的本息償還。不過，由於後期會進行“加快推進鐵路投融資體制改革和運價改革”，前者我們認為是指未來將由鐵路總公司以企業形式進行市場化投融資，而運價改革則有利於理順價格體系，提高鐵路運營效率，增強鐵路總公司的財務狀況和融資能力。此外，我們認為，鐵路總公司在使用和運營現有鐵路資產時，很可能採用購買、租賃等方式來進行，並由國家進行注資以獲取相關運營資金。
第三，鐵道部的改革，會改變現有的鐵道債未來供給水準，對存量債以及今年新增鐵道債利好，中期來看，預計相比金融債利差可能在現有基礎上至少下降30bp。目前同期限的鐵道債(以不免稅的10年期品種為例)與金融債之間的利差超過70bp，而即使考慮到兩者之間存在的風險權重差異(不考慮由於授信或者風控審核等制度造成的機構偏好差異)，利差也不應該超過20bp。根據我們前期的研究結果，過去兩者之間的差異主要是由於鐵路投資加速上升帶來的鐵道債相對供給上升所導致。預計改革徹底完成之時，經發改委和央行批准的以政府名義發行的鐵道債將成為過去時(供給下降)，再加上國家對存量鐵道債的支援(信用資質甚至會提升)，顯然會壓縮鐵道債與金融債之間的利差，我們預計下降幅度至少在30bp。而對於2013年已經計劃發行的政府支援性質鐵路建設債券大概率仍將保留免半稅和風險權重20%的優惠，發行利率對比老券將出現明顯回落，一級利率的大幅回落很可能引導投資者預期，壓低二級市場鐵道債利率水準。
此外，鐵道部的企業職能剝離到了鐵路總公司之後，除2013年已經計劃好發行的鐵道債以外，未來將不再存在可比的“鐵道債”，取而代之的是鐵路總公司發行的信用債。未來鐵路總公司發行債券很可能遵循兩條路徑。我們預計，鐵路路網建設和規劃的實現未來仍將面臨較大的融資缺口，政企分離可能帶來鐵道投融資方式沿兩條路徑出現分化：歸屬鐵路總公司進行統籌和運營管理的、盈利能力較強的鐵道相關線路，可能採取市場化融資方式，以企業信用發行債券、吸引社會資本參與等方式加以運作，融資成本上，由於發行人屬性由政府部門降為企業，評級和定價將向一般AAA債券靠攏；盈利能力相對較弱，但承擔了公益性建設責任的相關線路，則更可能以財政補貼、加大支援性投入的方式予以解決。
