湄洲媽祖廟春秋兩祭時的擺盤方式，有部分是向臺灣學習的。
據臺灣《旺報》報道，兩岸媽祖信仰交流，曾帶給湄洲人很大的文化衝擊。一位福建省官員回憶說，1996年，當他們第一次看到臺灣人把富麗堂皇的神轎扛到大陸時，都嚇壞了。
因為很多大陸民眾沒看過那麼華麗的神轎，神轎周邊還裝飾發亮的霓虹燈；再加上從前上湄洲島看潮汐，得選在退潮時靠岸，再把大轎子扛上碼頭，不僅累人還很危險。有一年，大雨滂沱又逢大退潮，“臺灣人還是把神轎完整無缺地扛進祖廟”，讓大陸信徒佩服不已。
湄洲媽祖廟董事長林金榜表示，現在祖廟的祭典禮儀是找專家學者依古籍資料重建，民俗陣頭跟祭拜方式很多是從臺灣學習的；媽祖海宴的擺菜跟臺灣學一部分，再加上大陸的創新組成。對於湄洲媽祖廟，不論是資金或祭典科儀，臺灣人都有不小的貢獻。
