但是，“辦法”卻給陸生赴臺就學施加了諸多不合理的限制，例如，招收陸生數額以臺灣招生總名額的1%為限；陸生就讀學士班只能報考私立大學；不編列獎助學金；不允許在學打工；不能參加臺灣全民健保；畢業後須于一定時間內離臺等等。可見，臺當局出臺的“辦法”並不全面與徹底，無法滿足兩岸教育交流的現實需求。
關於限制赴臺就學陸生總量的規定，其實不利於緩解臺灣高等教育資源過剩的現狀。
近十年來，臺灣的高校數量及招生名額急劇膨脹，2300多萬人口的臺灣擁有高等院校超過150所，每年生源容量約30萬人，而由於臺灣出生率持續下降以及生源外流的原因，每年臺灣大學新生不足15萬人，不少學校經營慘澹。此次“辦法”將招收陸生數額限制為臺灣招生總名額的1%，約為2000人，平均到每所學校僅有13人左右。
針對不編列獎助學金的限制，臺灣大學主任秘書廖鹹浩教授表示，這個問題對招生會有一定的影響，因為世界各地的高校為吸引境外學生大都設有獎助學金。對此，臺灣許多高校各出高招，或依託校友會，或求助於大陸臺商，通過自籌或募款活動，自行為陸生提供獎助學金。
關於陸生在臺就讀期間不得從事專、兼職工作，臺教育主管部門有關人士具體解釋說，陸生來臺不能打工，就是不能從事勞務工作，包括不能擔任研究助理。臺灣世新大學校長賴鼎銘認為，不能擔任研究助理“不只陸生學習上有損失，也是教師的損失”。
