1－3月
1月1日，陳水扁在元旦講話中稱，臺灣未來將以“積極管理、有效開放”代替“積極開放、有效管理”作為未來兩岸經貿政策的新思維。被普遍認為是臺當局將要緊縮兩岸經貿交流的前奏曲。
1月14日，中共中央總書記、國家主席胡錦濤考察廈門臺商投資區並接見當地臺商，強調加強兩岸合作，造福兩岸同胞，表示兩岸民間行業組織應儘快坐下來商談直接通航，兩岸農業合作潛力巨大，應加大兩岸合作力度。
1月20日，兩岸春節包機首飛，開放所有持有效證件、往返兩岸的臺灣居民，並增加了廈門航點。到2月7日結束，往返班次從上年的48次增加到72次，共運送臺胞287397人次，遠高於上年的10472人次，平均載客率在八成以上。
1月20日，廈門市工商局正式公佈《臺灣居民在廈門市申辦個體工商戶登記的若干意見》，繼港澳居民之後，開放臺灣居民在廈門申辦個體工商居民。符合條件的臺灣居民無須經過外資主管部門的審批，可以在廈門經營零售業（不包括煙草零售）、餐飲業、居民服務和其他服務業中的理髮及美容保健服務、洗浴服務、家用電器修理及其他日用品修理。經營的組成形式僅限于個人經營，不得委託經營，也不包括特許經營。
2月6日，臺“經濟部長”黃營杉在大陸臺商春節聯誼活動時稱，將引導臺商“全力開發”印度市場，以改善臺商海外投資過度集中在大陸的現象。
3月10日，臺“經濟部長”黃營杉稱，將降低臺商對大陸投資比重，以降低10個百分點為目標。該部投資業務處說明，是要以加強對全球投資佈局，來相對減低對大陸投資的依賴。
3月16日，公安部宣佈，臺灣與港澳民眾，可以有條件申領大陸身份證。17日，臺“陸委會”稱，依臺“兩岸人民關係條例”，臺灣民眾在大陸設籍或持用大陸護照者，將喪失臺灣地區人民身分及相關權利，並由戶政機關登出臺灣地區戶籍。
3月17日，陳水扁再次聲稱其“積極管理、有效開放”的大陸經貿政策，是要“提醒臺商投資大陸應注意政治風險”。
3月17日，臺“經濟部貿易調查委員會”決議稱對大陸進口毛巾採行進口救濟（特別防衛措施）及反傾銷調查的產業損害成立，大陸進口毛巾對臺相關產業已造成“市場擾亂及實質損害”。4月14日更決定對大陸進口毛巾由從價課徵10.5%的關稅2調整為從量課徵,第1年每公斤課徵42元，第2年32元，第3年20元。5月29日臺“財政部”宣佈，自6月1日起，對大陸出口毛巾到臺灣的9家公司，課徵4個月臨時反傾銷稅，稅率最高達248.2%。
3月22日，臺“行政院”院會通過“陸委會”、“交通部”等部門擬定的“積極管理、有效開放”配套機制，從人員、農業、經濟及金融等四個方面制定了更嚴密的限制措施。
3月28日，臺“經濟部”研擬對投資大陸1億美元以上的申請案將實施“政策面審查”，以在“簡易審查”、“專案審查”之上建立第三級審查制度。
4－6月
4月14、15日，國共經貿論壇在北京舉行。國臺辦主任陳雲林受權宣佈包括擴大臺灣水果檢驗檢疫進口品種擴大為22種；11種蔬菜及部分水產品進口零關稅等15項對臺優惠政策措施。
4月16日，國家旅遊局、公安部和國務院臺辦聯合發佈《大陸居民赴臺灣地區旅遊管理辦法》。
4月17日，臺“經濟部投審會”稱臺灣民眾在大陸設立個體工商戶屬投資行為，應向其申報或申請許可，並訂定相關受理原則。
4月20日，臺“行政院長”蘇貞昌稱，“兩岸經貿論支共識只要對臺有利，不必因人廢言，可以全盤考慮推動”。
4月24日，商務部宣佈，自5月1日起對天然砂實施進出口的管理措施。但稍後宣佈暫緩實施。此舉對島內砂石業產生了極大衝擊，臺“經濟部”採取措施，防止商人借機囤積哄抬價格。
4月28日，臺“經濟部”宣佈有條件開放低階半導體封裝測試、4英寸以下面板中段製程赴大陸投資。
5月1日，臺“行政院長”蘇貞昌宣佈實施擴大“小三通”的三項措施，包括即日起開放金馬旅臺鄉親、配偶、直系血親及二親等內旁系血親及其未成年子女，可經由金馬進行兩岸“自由行，不必組團”；6月1日起開放金門與泉州的往來航線；為應付“小三通”擴大帶來的變化，9月以前實施兩岸首次的聯合救難演習。
5月15日，臺“中央銀行”修正“金門及馬祖金融機構辦理人民幣現鈔買賣業務要點”，增設辦理據點；簡化結匯手續與文件；同時將金融機構辦理業務明確限定在辦理人民幣與新台幣現鈔間的買賣業務。
5月19日，臺“經濟部投審會”有條件通過統寶公司到大陸投資從事小尺寸面板後段製造。
5月24日，商務部公告對包括臺灣等地區進口的氨綸（彈性纖維）原料課徵臨時反傾銷稅5.09%。
5月26日，臺“經濟部投審會”新增“臺灣創投公司赴大陸投資審查原則”，開放臺灣創投業者申請赴大陸投資一般類項目。
6月8日，金門和泉州間小三通客運航線首航，成為兩岸間第三條“小三通”航線。其單程票價，金門購票為新台幣720元，泉州購票為人民幣180元。
6月13日－22日，臺“財政部”官員赴大陸實地調查大陸毛巾傾銷案，這是兩岸入世（WTO）後，臺首度派有關官員到大陸調查傾銷案。
6月14日，兩岸同步宣佈已達成實施四項專案包機的方案，包括專案貨運包機、客運包機節日化、緊急醫療包機及特定人道包機事宜。
6月15日，大陸供銷總社正式向臺灣省農會採購200公噸香蕉，並於6月下旬全數運抵大陸。這是兩岸第一次大型集體採購案。
7－9月
7月7日，中共中央臺灣工作辦公室主任陳雲林會見中國國民黨政策會執行長曾永權率領的中國國民黨促進兩岸金融交流、觀光訪問團一行，表示將正在進一步努力推動大陸商業銀行發放專項貸款，支援大陸中小臺資企業、臺資農業企業的發展。
7月7日，臺“交通部”公佈兩岸客貨運專案包機6項申請作業程式，即日起生效。其中專案貨運包機由兩岸航空業者載運臺商貨物並採個案審核方式；節日客運包機開放兩岸航空業者在春節、清明節、端午節及中秋節申請飛航；緊急醫療及人道包機則可由兩岸航空業者申請包機運送緊急醫療需要的人員及醫療器材，急難救助及殘障（疾）人士及其他經雙方同意的特殊情況，均可專案申請。
7月19日，兩岸專案貨運包機首航。華航包機載運臺積電公司的貨物，于當晚經香港飛抵上海浦東機場，20日清晨6時返抵桃園機場，成為第一架往來兩岸的貨機。
7月10日，國臺辦與華夏銀行簽訂“支援臺資企業發展合作協議”，華夏銀行承諾未來五年提供臺商總計人民幣200億元的融資額度。
7月12日，商務部公佈2005年中外企業出口排名前200大，共有37家臺資資訊電子企業入榜，其中鴻富錦精密工業（深圳）蟬聯第一。
7月17日，臺商旺旺集團投資的湖南旺旺醫院與臺灣敏盛醫療體系簽署醫療合作備忘錄，標誌著臺灣醫療業登陸的重要一步。
7月19日，臺“中華航空公司”載運臺積電公司晶片設備繞經香港飛航情報區飛抵上海浦東機場，這是兩岸貨運包機首航。
8月2日，臺“行政院長”蘇貞昌稱，7月召開的“經續會”未達成共識，臺當局“目前不會改變”臺商赴大陸投資以凈值40%為上限的政策。
8月27日，“臺灣海峽兩岸觀光旅遊協會”（簡稱“臺旅會”）成立，由臺“交通部觀光局長”許文聖擔任董事長，作為有關開放大陸民眾赴臺旅遊的兩岸協商對口單位。
8月29日，臺“經濟部貿委會”就大陸進口毛巾做成最後認定產業損害成立。
8月31日，臺灣區電機電子公會公佈“2006年中國大陸地區投資環境與風險調查”報導，蘇州工業區名列年度臺商推薦度、城市綜合實力、投資環境等指標第一名。
9月14日，兩岸緊急醫療包機首航，由國際SOS北京救援中心的金鹿航空（DER-902）專機運送一位到大陸旅遊探親，中途猝發腦溢血的病患于傍晚6時18分由廣州飛抵臺灣。
9月18日，中央臺辦與國民黨臺商服務中心舉行第二次保護臺商合法權益工作會談，就進一步加強保護兩岸同胞合法權益工作，落實“雙向合作、平等保護”精神，達成了包括臺商投資保護、臺商稅賦、臺灣民眾往來大陸便捷化、勞工保險、兩岸共同打擊犯擊犯罪、專利商標事務合作等方面的十項共同意見，確定每年舉行一到兩次工作會談。
9月29日，兩岸中秋節包機首航，至10月13日共飛行24架次，航點為大陸的北京、上海、廣州與廈門，臺灣則為桃園與高雄。
10－12月
10月17日，由國臺辦與國民黨智庫共同舉辦的兩岸農業合作論壇在海南博鰲國際會議中心召開，政協主席賈慶林發表演講。論壇達成加速並擴大兩岸農業交流與合作等“七項共同建議”，大陸推出二十項深化兩岸農業合作的新措施。
10月19日，工商總局發出通知，要求各地工商部門制止和查處假冒臺灣水果行為，明確規範水果經營者不得將經營的臺灣品種水果簡稱為臺灣水果，應區分為“臺灣產地水果”和“臺灣品種水果”。凡是銷售非原產于臺灣的水果，均須在包裝物和價格標簽上註明產地，保護消費者知情權。銷售假冒臺灣水果者，將依“產品品質法”處罰。
10月25日，臺“經濟部投審會”核準由多位深圳臺商合資成立的“愛群醫院”登陸，這是首例大陸臺商協會成員集體出資成立的醫院。
11月1日，臺“金管會”發函島內證券業者，禁止券商對投資人推薦大陸公司在香港發行的有價證券。
11月8日，臺“內政部”修訂辦法，開放大陸人民擔任跨國企業之負責人、經理人赴臺工作，隨行來臺的大陸人民子女準用“境外優秀科學技術人才子女來臺就學辦法”相關規定在臺就學。
11月10日，臺“行政院長”蘇貞昌稱，只有在兩岸簽署相關協議，建立金融監理制度後，臺當局才可能開放臺資銀行業投資大陸。
12月1日，臺資企業、大陸最大的糖果製造公司徐福記國際集團在新加坡掛牌上市。
12月25日，臺“中央銀行總裁”彭淮南稱，臺當局已經開放旅客攜帶人民幣入臺，現在是開放人民幣兌換的最好時機。
12月27日，臺“經濟部投審會”通過力晶半導體公司、茂德科技公司申請赴大陸投資8英寸晶片廠案。
12月29日，臺“行政院”宣佈開放臺商赴大陸投資八英寸晶片廠製程技術由0.25微米升級為0.18微米。臺“行政院長”蘇貞昌稱，希望此舉能使臺商“將機器汰舊換新，根留臺灣，賺全世界的錢”。
