深水泊位建設滯後，航道通航標準偏低，投融資體制亟待完善。這是《東莞市水運發展規劃》（以下簡稱《規劃》）中對東莞目前水運存在問題的評價。為促進水運發展，《規劃》提出在2010年前，完成建設航道111公里，港口泊位41個。到2020年還將建設航道140公里，泊位68個，總投資達182.7億元。
航道：將可通行10萬噸級巨輪《規劃》提出，到2010年重點建設5條骨幹航道：獅子洋深水航道，東江北幹流、麻涌水道、倒運海水道等三條河口區航道，以及東江北幹流（公鐵兩用橋-石龍頭）。
據悉，獅子洋骨幹航道是廣州港出海航道的一部分。2000年，廣州港出海航道一期工程竣工，能滿足3.5萬噸級海輪乘潮進港。二期工程全長115公里，能滿足5萬噸級船舶單向乘潮通航要求，獅子洋到伶仃洋東莞段航道即包含其中，將在近期完工。“十一五”期間將投資40億元建設出海航道三期工程，南沙港區至珠江口桂山島錨地60公里將能滿足10萬噸級船舶雙向通航。
作為《規劃》中唯一一條出海航道，獅子洋深水航道建設里程53公里，建成後將滿足10萬噸級船舶通航標準。其餘4條骨幹航道通行標準為1000到10000噸級。
工程完工後東莞將初步形成“一縱三橫五河口”佈局的高等級航道，初步實現東莞市航運由單一內河運輸向適應江海運輸的跨越。
港口：實現“一心三層五區”佈局《規劃》提出，未來東莞港口佈局為“一個核心、三個層次、五個港區”。即以獅子洋深水作業區為核心，深水、中型、小型三個泊位層次，麻涌、沙田、沙角、長安和內河港區。
根據《規劃》，2010年，獅子洋深水作業區主要承擔東莞市國際物流和省際物流運輸，泊位規模以萬噸級以上大型深水泊位為主。其新沙南、立沙島、西大坦3個作業區分別承擔散糧、散雜貨危險品和集裝箱貨類裝卸，泊位均為5萬噸級。到2010年，獅子洋沿岸大型深水泊位為核心的港口體系基本完成，三個作業區將初具規模，新增大型集裝箱泊位5個、油氣化工品泊位8個、散糧散雜貨泊位4個，基本形成集裝箱、油氣化工品、大宗散雜貨沿海運輸系統，開創東莞市沿海近洋運輸新局面。
五大河口作業區主要承擔東莞市省際物流、港澳物流運輸並兼有部分近洋運輸，泊位規模以1000噸-5000噸級以上中型泊位為主，最大泊位3萬噸。內河港區則主要承擔省內物流運輸，即東莞市與珠江三角洲和珠江水系各城市之間的內河區間運輸並兼有部分港澳運輸，泊位規模為1000噸級以下的內河船泊位，縱深均為200到500米。
