在臺商積極赴大陸投資及大陸當局不斷向臺灣招商動之際，以財經見長的蕭萬長經與島內企業財團領袖會商後，決定籌組兩岸共同基會，推動及研究兩岸建構共同市場，盼能為兩岸政治的和平、統合奠定基礎，並期待兩岸基金會成立後，能對兩岸日益頻繁的經貿往來做出貢獻。 

       蕭萬長卸任“行政院長”後，積極鼓吹兩岸共同市場概念，並展開遊說企業界捐款，結合臺灣包括臺積電董事長張忠謀、統一企業集團總裁高清願、國泰人壽童事長蔡宏圖以及新光集團的吳東進、吳東亮等人于2001年3月共同籌組成立“兩岸共同市場基金會”。儘管臺灣經濟不景氣，蕭萬長還是集合了包括自己在內的20位捐助人，每人捐款新台幣500萬元，成立規模1億元的兩岸共同市場基金會。

       該基金會是民間組織，不是官方機構，也沒有政黨色彩，並將基金會定調在研究論壇的角色，是研擬“兩岸共同市場”這個經貿機制，具體運作的規範與互動模式的研究單位。

　　與海基會的區別

       海基會是“政府”指定的機構，是與對岸做對口的單位，是與對岸對等的機構；基金會則只鎖定兩岸共同市場，為研究、推動的議題，因此，性質上是完全不同的兩個單位。