此次國務院機構改革，重點是圍繞轉變職能和理順職責關係，穩步推進大部門制改革，實行鐵路政企分開，整合加強衛生和計劃生育、食品藥品、新聞出版和廣播電影電視、海洋、能源管理機構。改革後，國務院正部級機構減少4個，組成部門降至25個。
改革開放以來，包括這次在內，國務院共進行了七輪機構改革。應該說，每一輪改革後，我們對政府性質和職能的認識都深化了一層。儘管如此，國務院部門在職能定位、機構設置、職責分工、運作機制等方面還存在不少問題，包括職能越位、缺位問題依然突出，不該管的管得過多，一些該管的又沒有管好；職責交叉、權責脫節、爭權諉責現象依然較多，行政效能不夠高；機構設置不夠合理，一些領域機構重疊、人浮於事問題依然存在；對行政權力的制約監督機制不完善，不作為亂作為、以權謀私、貪污腐敗等現象尚未得到根本性遏制。這些問題，需要通過深化體制改革、完善制度機制特別是職能轉變加以解決。
從整個方案來看，本次機構改革和職能轉換相對以往有三個明顯特點：一是深入推進政企分開、政事分開、政社分開，加快完善社會主義市場經濟體制，從體制機制上加強社會建設，保障和改善民生。二是把職能轉變放在更加突出位置，強調以更大力度，在更廣範圍、更深層次上加快國務院機構職能轉變，重在向市場、社會放權，減少對微觀事務的干預，同時改善和加強宏觀管理，嚴格事後監管，努力做到不該管的不管不干預，該管的切實管住管好。三是堅持積極穩妥、循序漸進、成熟先行，注重改革的連續性、系統性和前瞻性。抓住重點問題，既鞏固以往改革成果，又著力破解重大難題。對條件成熟、形成共識的就先推進，對條件尚不成熟、還需要研究探索的，在進一步創造條件、累積共識後，適時加以推進。
在上述三點中，尤其需要指出的是第二點，此次機構改革是同職能轉變緊密結合、同步推進的，許多問題通過職能轉變來解決，比單純的機構調整更有意義。對於職能轉變，我們不能狹隘理解，以為職能轉變就是政府管得越少越好，政府機構越少越好。職能轉變的應有含義是，政府要管自己該管的，如果政府管了不該管的，就應把這個職能轉移出去，而把自己該做的事情做好。在這個基礎上，再看這個職能應由哪個部門來行使更好，這是職能轉換的第二層含義。由此來看，一個政府該設多少機構部門，應與它承擔的責任相聯繫，固然不是越多越好，但也不是越少越好，而是合適才好。
此次改革嚴格遵循了職能轉變這一邏輯，推進職能的轉移、下放、整合和加強。職能轉移要解決的是政府與市場、政府與社會的關係問題；職能下放要解決的是國務院部門管得過多過細問題；職能整合要解決的是職責交叉、推諉扯皮問題；職能加強要解決的是國務院部門抓大事管宏觀不夠問題。
當然，要做好政府職能轉變，理論上需要厘清政府和市場，政府和社會的權力和責任邊界。只有邊界清楚了，政府該管什麼不該管什麼也就自然清晰，從而避免政府越界干預。現在政府權責不清、管理混亂，除了政府權力受到的約束不足外，很大程度上是沒有厘清政府權責邊界之故。
國務院機構改革是一個過程，改革的方向是努力構建既符合我國國情又順應時代潮流的體制。而此次方案中關於國務院機構宏觀管理角色的定位、行政管理體制的基礎制度建設、對政府依法行政的制度安排，有助於中國政府走向真正意義上的現代政府。在今後的機構改革中，應進一步著眼于市場化趨向，加快完善社會主義市場經濟體制，做到政府有所為有所不為；著眼于推動社會全面進步和人的全面發展，完善保障和改善民生，促進公平正義的制度安排；著眼于建設民主政治和法治國家，從體制上為公眾更加廣泛、更加充分地參與決策和管理來創造有利條件。
塵埃落定後，接下來就看如何去落實了。只有不折不扣地貫徹方案的原則和精神，機構改革和職能轉變才算最終完成。
