1972年日本外務省發表《關於尖閣列島主權的基本見解》，聲稱：“該列島向來構成我國領土西南諸島的一部分，而根據明治二十八年五月生效的《馬關條約》第二條，該列島並不在清朝割讓給我國的臺灣、澎湖諸島內。”這成為日本所謂擁有釣魚島主權的依據之一。然而，事實果真如此嗎？
一、關於《馬關條約》及其第二款
《馬關條約》第二款第一項、第三項對同時讓與的遼東半島、澎湖列島的地理範圍有明確的界定，為什麼僅對“臺灣全島及所有附屬各島嶼”進行了模糊表述？從日方公開的有關《馬關條約》交涉議事錄的記載，我們可見日本政府在條約中模糊處理臺灣附屬島嶼的用心。
1895年6月2日中日簽署《交接臺灣文據》前，關於臺灣附屬各島嶼包括哪些島嶼，成為雙方討論的焦點。當時日本公使水野弁理和清政府全權委員李經方之間討論的紀要收錄于日本公文書館，並見於日本學者濱川今日子所著《尖閣諸島の之領有そめぐる論點》一文中。在會談中，李經方擔心日本在日後將散落于福州附近的島嶼也視為臺灣附屬島嶼而對中國提出島嶼主權要求，於是提出是否應該列出臺灣所有附屬島嶼的名錄。水野回復說，如果將島名逐一列舉，難免會出現疏漏或涉及無名島嶼問題，如此一來該島將不屬於日、中任何一方，從而帶來麻煩；有關臺灣附屬島嶼已有公認的海圖及地圖，而且在臺灣和福建之間有澎湖列島為“屏障”，日本政府決不會將福建省附近的島嶼視為臺灣附屬島嶼。鋻於日方的表態，李經方同意對臺灣附屬各島嶼不逐一列名的處理。
水野談話表明，日本政府承認臺灣附屬島嶼已有公認的海圖及地圖，因而不需要在接管臺灣的公文中列出釣魚島列嶼，從這一點看，日本政府實際上承認釣魚島列嶼是臺灣附屬島嶼，因為釣魚島列嶼在公認的海圖及地圖上早已標明它屬於中國；另一方面，這段對話還表明，日本政府會談代表水野有意隱瞞另一個事實，即在《馬關條約》簽署前3個月，日本政府已召開內閣會議秘密將釣魚島編入了沖繩縣。
1885年至1895年的10年間，沖繩地方政府一直圖謀建立“國標”，從而將釣魚島納入其管轄範圍，但日本政府鋻於釣魚島為“清國屬地”，一旦建立“國標”，恐引起清國警覺和爭議，因此始終未予核準。當甲午戰爭日本即將獲勝之際，日本政府感到攫取釣魚島列嶼時機已到，於是在1895年1月14日召開內閣會議，秘密決定：釣魚島等島嶼“應按照該縣知事呈報批准該島歸入沖繩縣轄，準其修建界樁”。事實上，關於在釣魚島修建界樁，沖繩縣並未立即執行。據井上清教授披露，直到1969年5月5日，沖繩縣所屬石垣市才在島上建起一個長方形石制標樁。日本內閣會議的這一決定是密件，過了57年後，于1952年3月在《日本外交文書》第二十三卷對外公佈，此前清政府以及國際上完全不知情。
既是如此，在很長時間內，日本政府並未公開宣稱對釣魚島擁有主權。1896年3月日本發佈名為《有關沖繩縣郡編制》的第十三號敕令，明治天皇並沒有將釣魚島明確寫入。而第十三號敕令卻被日方視為其擁有釣魚島主權的依據之一，顯然是欺騙世人。
日本“竊佔”釣魚島絕非什麼“和平方式”，而是近代殖民侵略的產物，是甲午戰爭中日本戰略的一環。正是基於侵華戰爭勝券在握，日本內閣才搶先竊據釣魚島，接著才有了不平等的《馬關條約》；正是通過《馬關條約》，日本力圖以所謂條約形式，實現其對釣魚島“竊佔”行為的“合法化”。這一歷史過程是清楚無誤的，是史家的共識。
