5月15日，在拖過馬英九設定的72小時最後期限後，菲律賓駐臺代表白熙禮先部分回應臺灣要求，隨後菲總統府發佈聲明稱，總統阿基諾三世指派個人代表赴臺道歉。不過這既沒有滿足臺灣道歉、懲兇、賠償、漁業談判4項要求，白熙禮的道歉還被臺灣媒體批為“態度輕佻”。
在延時40分鐘後，菲律賓總統府發言人陳顯達15日下午出現在馬拉坎南宮的臨時記者會現場，在此他宣讀了菲總統府的官方聲明。聲明說，“總統阿基諾三世已指示馬尼拉經濟文化辦事處主席佩雷斯為其個人代表，就不幸與無意造成的生命損失，轉達他和菲律賓人民對洪石成家屬及臺灣人民的遺憾與道歉之意”。
這是臺灣當局設定的72小時時限過後，菲律賓的第二次“道歉”。據臺灣“中央社”報道，15日淩晨1時，在5個小時馬拉松式的密談之後，臺灣“外交部長”林永樂與菲駐臺代表白熙禮共同召開了記者會。白熙禮從菲帶回的回應稱，菲律賓對此次事件表達深切遺憾與道歉，承諾啟動共同調查，計劃與臺灣就簽署漁業協議展開會談，但對罹難者家屬賠償以及是否經官方授權不盡明確。
這次會面成為全島關心的最大新聞，臺灣所有電視臺從14日晚6時起直播到15日淩晨2時，規模前所未有，報紙也等消息出來後才開動印刷機，但結果卻令臺灣媒體感到不滿和憤怒。臺灣東森新聞用“輕佻”形容菲律賓的道歉態度，稱不但在記者會上未聞白熙禮親自說一聲道歉，菲律賓原先更準備用一封信就打發臺灣。這封信雖經過多次修改，但最終仍措辭模糊。臺灣“今日新聞”痛批馬英九悍然發出所謂72小時通牒令，換來的是自取其辱，“已經從水母變蜇皮”。
15日淩晨，臺灣“外交部長”林永樂曾用“正面回應，態度尚可”評論菲方聲明。但清晨，臺當局態度近乎180度大轉彎。臺“總統府”發言人李佳霏稱，馬英九15日上午7時召開“國安”高層會議，對菲方“授權不夠、誠意不夠、反覆不定”表示強烈不滿，並宣佈立即採取凍結菲勞工申請、召回臺駐菲代表及要求菲駐臺代表離臺等3項制裁措施。馬英九還再次為菲設下最後期限，稱如果15日下午6時前無法滿足臺方提出的道歉、懲兇、賠償、漁業談判4項要求，將採取第二波制裁。
英國廣播公司報道稱，臺灣大約有8.8萬菲律賓勞工，其中大多數人在製造業工作。臺“勞工局”每個月都會收到來自菲律賓的約3000份工作申請。美國《基督教科學箴言報》評論說，制裁對於菲律賓來說是個壞消息，菲勞工經常把工資寄回家，2011年海外勞工匯款約佔菲國內生產總值的9%。
“正是在制裁決定做出之後，阿基諾三世表示由個人代表轉達道歉的”，《菲律賓星報》稱，陳顯達在記者會上說，希望臺灣當局重新考慮制裁決定，呼籲不要將菲律賓人民捲入這一事件。菲總統府聲明稱，對罹難者家屬和臺灣人民的悲痛“感同身受”， 菲國家調查局已將此案列為最優先處理案件，展開“徹底、深入、公正及迅速”的調查。菲律賓人民募集了一筆錢將贈予洪石成家屬以示慰問，佩雷斯16日將前往探望。
15日傍晚6時，當《環球時報》記者打電話給洪石成女兒洪慈綪時，她還沒有看到阿基諾三世道歉的新聞。她急切地要求記者把內容念給她聽。當聽到聲明中“無意造成的生命損失”一句時，洪慈綪的情緒明顯有些激動。她表示根本沒辦法認同這樣的字眼，“他們是有意射殺，菲律賓長期對臺灣漁民這樣，用這樣的字眼是在推脫”。她直言，菲律賓的表態沒有講明具體時間和做法，比如調查多久，怎麼懲兇，怎麼跟洪家交代等等。在對菲律賓提出的要求中，洪慈綪表示最看重的還是公開道歉，“菲律賓方面必須滿足這一點”，因為如果做不到這點，就表示菲律賓根本不承認自己有錯。洪慈綪對記者說，在菲律賓公開道歉之前，是不會見菲方代表的。琉球區漁會總幹事蔡寶興15日也對《環球時報》記者說，不認為菲律賓是真的在道歉。【環球時報駐泰、菲特派特約記者 于景浩 黃棟星 環球時報駐臺北特約記者 蕭師言 環球時報記者 吳薇 鄭小軍 葛元芬】
