靠著手裏握著的核導彈，陳水扁就有了向美方尋求“政治庇護”的資本。
10月19日，國民黨籍“立委”蘇起在臺“立法院”質詢時突然爆料稱，據一位民進黨重量級人士透露的可靠消息，陳水扁為增加和大陸對峙的籌碼，最近下令中山科學研究院開始製造核武器。為此，臺“國安會”還偷偷邀請某核大國的前國防部長，以及該國重要的核武器方面的專家來臺就相關問題進行交流。製造的核武器計劃安裝在臺灣自行研發的“雄風2E”巡航導彈上，使之成為陳水扁換取美國“政治庇護”的“保扁彈”。此言一齣，立刻在臺島內引起劇烈震蕩。
臺當局忙著否認
“行政院長”張俊雄當即澄清說，臺灣沒有發展核武器的想法與做法，也“絕對不生產、不發展、不取得、不使用”核生化武器。“國防部長”李天羽也表示，自1988年發生“中科院”副所長張憲義攜帶核武機密文件叛逃美國、令臺灣核武計劃曝光的“不愉快事件”後，臺灣現在沒有核武器，並且“雄風2E”尚未研發成熟，也絕對不是攻擊性武器。陳水扁則在20日公開表示，臺灣目前沒有核彈，蘇起有關發展核武的說法完全是危言聳聽。
至今保存研發能力
儘管臺當局竭力否認製造核武的傳聞，但臺灣媒體認為，臺灣秘密研發核武至少已有40多年的歷史，雖然在外界的嚴密監控下，其核武計劃幾度受到重挫而停擺，但目前仍具有研發核武的實力與人才。
上世紀六十年代，蔣介石即決意自主發展核武計劃。在此背景下成立的中山科學研究院儼然就是一個搞遠端戰略核武器的大本營。1988年的張憲義叛逃美國事件令臺灣研發核武計劃遭遇最嚴重的打擊，在美國壓力下，臺重水反應堆被拆除，核原料被運走，參與研發的科研人員被解散，核武計劃全面終止。
發展核武只需3至4個月？
美《外交政策》雜誌曾分析認為，臺灣在上世紀進行過電腦核試爆，掌握了核爆相關技術，目前臺灣的三座核電廠可從美國獲得穩定的鈾原料供應，每年用過的核燃料棒經過後處理，可提取出武器級的鈽。美專家據此認為，臺灣具備研發核武器的技術能力，同時也有獲取核材料的渠道，利用現有的民用核反應爐，可在一年內重新蓋出钚再處理工廠，3至4個月內發展出核武器。
假設這一計算準確的話，從現在算起3至4個月後正是陳水扁下臺的時候。蘇起推測，陳水扁很有可能在明年“總統”大選前以某種方式宣佈“臺獨”，挑起兩岸關係緊張，屆時，靠著手裏握著的核導彈，陳水扁就有了向美方尋求“政治庇護”的資本，可以安心“跑去美國養老”。
對於蘇起的大膽推測，臺軍方人士一些則認為“很幼稚”，表示“臺灣發展核武器無異是自殺性的行為”。他們認為，即使陳水扁真有膽量研發核武，恐怕也難過美國這關。
