奧巴馬抵達馬尼拉之前幾小時，菲律賓防長加斯明與美國駐菲大使戈德堡在馬尼拉國家軍隊總部簽署《增強軍事合作協議》。英國《金融時報》評論稱，這是自1991年美國被迫關閉駐菲軍事基地以來，五角大樓首次獲得這樣的許可，協議有助於美國把更多軍事力量投入亞洲，配合其“重返亞太”戰略。該協議也為菲律賓提供了新的支援，後者與中國在南海的領土爭端正不斷惡化。《日本經濟新聞》說，協議禁止美國在菲部署核武器。
“這個經過近兩年密集而全面的談判達成的協議，是我們作為長期盟友的歷史性里程碑。”菲外長德爾羅薩裏奧28日稱，菲美防務協議“為現代和成熟的夥伴關係打開新篇章”。菲律賓GMA新聞網28日說，馬尼拉指出，簽署該協議不針對任何特定的亞洲國家。當天，菲律賓外交部發表聲明解釋菲美新軍事協議，聲明包括30個問答，比如，新軍事協議的目的、如何實現協議目標、菲律賓會得到什麼好處等，其中沒有提到中國。
“日本電視臺”28日則認為，美菲制定的新軍事協議會讓菲律賓成為事實上的美軍基地，可以看成是為牽制中國而定。同一天的瑞士《新蘇黎世報》稱，美菲新防務協議意味著，一旦中菲爆發島嶼爭端，美國就可能援助菲律賓。德國新聞電視臺28日稱，“美國和中國的關係進入冰河時期”，奧巴馬在東京高調支援日本，在菲律賓又簽署軍事協議，美國表態要做盟國的“保護者”。這被視為美國亞洲戰略的攤牌。“世界社會主義者”網站分析認為，美菲新軍事協議倣照的是2011年11月簽署的美澳軍事協議，該協議允許美軍陸戰隊駐紮澳大利亞的達爾文，為美國更廣泛進入澳大利亞空軍、海軍基地奠定了基礎。報道稱，新協議給美國提供了增加對菲軍售可能。弗吉尼亞國防分析專家湯姆森對路透社說，馬尼拉最需要的軍事技術是有助於在南海執行領土主權主張的武器，這可能包括P-8海上巡邏機、小型戰艦以及標準-3導彈。
對這一協議，“越南新聞網”28日援引菲律賓左派組織“國家”成員雷納托的話說，“我們以最強烈的字眼譴責阿基諾政權厚顏無恥的背叛，協議簽署顯然是一個傀儡總統給帝國主義主人的禮物。”菲律賓參議院外交關係委員會主席聖地亞哥對卡達半島電視臺稱，新協議給美國帶來的好處更多，協議讓菲律賓人聽上去像美國的衛星國。
菲律賓政策研究學者鮑伯?拓宋28日告訴《環球時報》記者，菲律賓社會甚至眾多菲國會議員，都對過去兩年進行的菲美防務協商進程毫不知情。“現在有民間團體已經準備好請願書，向最高法院申請對菲美防務合作協議進行違憲審查。”拓宋表示，協議已簽，但要在菲國內付諸施行，須經國會批准。拓宋認為，新防務協議打著“海上安全”、“海域關切”、“人道主義援助和災難救援”的幌子，但公開的秘密是，這就是美國強化亞太霸權、遏制地區大國的攻擊性武器。他認為，美國強化在菲軍事部署的直接結果是，增加南海潛在的軍事衝突，為現有的亞洲國家主權糾紛製造更多緊張氣氛。由此，任何和平協商解決相關問題的嘗試都變得更不現實。“和上世紀40年代以來的歷屆政治精英政府一樣，阿基諾政府正在拿國家主權和利益取悅‘外國老闆’。”（志剛藍雅歌青木蕭達汪析柳直）
