“我們向遇難者家屬表示真誠和最深切的同情與哀悼。”菲律賓總統府副發言人瓦爾特5月12日下午通過聲明再次回應射殺臺灣漁民事件。據菲律賓GMA新聞網報道，瓦爾特還表示，菲律賓已經啟動對事件的調查，涉及此事的菲巡邏艇指揮官及船員被停職。“菲律賓海岸警衛隊以及其他部門向所有人保證，調查將本著公正、透明、迅速有效的原則進行”。臺灣“中央社”以“菲總統府聲明：駐臺代表已道歉”為題稱，菲總統府在聲明中表示，對事件感到哀傷，菲律賓駐臺代表已向家屬轉達“慰問與道歉”之意。聲明還說，相關機構將研究如何避免類似事件再次發生。當天早些時候，瓦爾特在被問及臺灣的通牒時表示，“我們已接獲通報，稱臺灣提出數項要求，就目前而言……我們暫不響應，這是就今天而言。”同一天，菲海岸警衛隊發言人巴裏洛稱，“如有需要”，菲海岸警衛隊願進行道歉，但也強調這取決於調查結果。
菲律賓的模糊聲明立即遭到臺灣的批判。臺“總統府”發言人李佳霏批評菲方態度“輕佻”，她還表示，菲“駐臺代表”白熙禮兩天前確實曾向家屬表示道歉，但道歉被菲律賓總統府否認，所以臺灣方面才會認為這不是菲律賓政府的正式道歉，因此在昨天的“國安高層會議”中，馬英九要求菲律賓必須在72小時之內道歉。臺“外交部”12日晚表示，無法接受所謂菲駐臺代表已向漁民家屬道歉的說法，菲國應立即做出正式道歉。臺“外交部長”林永樂說，對方有一點改善，但不能讓臺灣滿意，菲方回應未符合臺政府所提4項要求。
在11日晚臺“總統府”召開的“國安高層會議”上，馬英九對菲律賓提出“4項嚴正要求”：第一、正式道歉；第二、賠償損失；第三、儘速徹查事實嚴懲兇手；第四、儘速啟動“臺菲漁業協議”談判。“總統府”明確表示，從5月12日零時起算，72小時內，若未獲菲律賓政府的正面響應，臺灣當局將採取抗議措施，包括：第一、凍結菲勞的申請；第二、召回臺駐菲“代表”；第三、要求菲駐臺“代表”返回菲律賓協助妥善處理本案。臺灣《自由時報》12日說，黨政人士表示，如果菲律賓在72小時之後未正面響應，除了上述抗議措施，臺當局還將採取“第二波反制措施”。
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馬英九本人也連續做出強硬表態。馬英九12日下午抵達小琉球探視遇難漁民洪石成的家屬，他允諾，政府絕對不會不了了之，一定要菲方道歉、賠償。當天上午他在出席一場公開活動時，率領現場上萬民眾共同為洪石成默哀10秒鐘。此前一天，他在參加“海巡署”舉辦的海安七號演習時表示，菲律賓公務船打死臺灣漁民是粗暴且冷血行為，但菲總統府卻不道歉，只是表示同情並進行調查，“菲律賓的態度更讓我們感到憤慨”、“我們絕對不能接受”，如果菲律賓不辦出結果，臺灣不排除用任何手段制裁，絕不甘休。
據法新社報道，在發生菲海岸警衛隊射殺臺灣漁民事件後，臺灣于5月12日向與菲律賓有爭議的出事海域派出1艘軍艦和3艘海巡船，捍衛海域“主權”以及漁業資源。臺“海巡署”表示，一旦發現對漁船開槍的菲律賓公務船，絕不退縮，將盡最大努力將這艘公務船帶回臺灣。
“臺灣認為我們不道歉，我們就會損失更多。這就是問題所在，各國都不把我們當回事，因為我們太窮了。是的，我們的經濟是在發展，但只要我們還有那麼多工人去國外給人家刷馬桶、幹那些當地人不願幹的活、僅拿那麼點工錢，我們就要繼續被人頤指氣使。”在菲律賓GMA新聞網的跟帖中，一名網友這樣評論臺灣的通牒。
不過自知理虧的菲律賓媒體這次表現得頗為“冷靜”。《馬尼拉時報》在題為“傷心與震驚撼動快樂菲臺關係”的社論中呼籲菲律賓政府徹查整起事件，勿讓人產生掩蓋事實之慮。文章呼籲菲律賓與臺灣簽署漁業合作協議，避免類似事件重演。【環球時報駐臺北特約記者 蕭師言 環球時報駐菲律賓、泰國特約特派記者 黃棟星 暨佩娟 甄翔】
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