據臺灣《工商時報》報道，7年前，“新加坡商”阿里巴巴直接赴臺申請公司登記，臺當局經濟部門發現，阿里巴巴並未以陸資名義補登記，若半年內未重新補件申請，將要求其撤資，逐出臺灣市場。阿里巴巴方面則表示，一切遵照合法程式進行，並不存在任何“偷吃步”或隱瞞；對於臺灣主管機關的相關處理及要求，阿里巴巴將向其提出訴願和積極溝通。
據臺當局經濟部門商業登記數據顯示，新加坡商阿里巴巴電子商務股份有限公司(ALIBABA.COM SINGAPORE E-COMMERCE PRIVATE LIMITED)在2008年直接赴臺申請登記分公司，營業項目包括資訊軟體服務業、數據處理服務業、電子資訊供應服務業、一般廣告服務業、廣告傳單分送業，除許可業務外，得經營法令非禁止或限制之業務。目前臺灣分公司總經理為傅紀清。
據悉，臺灣相關單位去年起就盯上阿里巴巴，認為由於該公司是陸資事實明確，要求阿里巴巴臺灣分公司應以陸資身份在臺登記。不過，阿里巴巴認為，最終控股公司在美國上市，僅16.28%為陸資股東，大股東尚包括SoftBank、Yahoo等，資金組成相當國際化。因此，阿里巴巴以陸資股權佔比、陸籍董事人數等，均非最大多數為由，不應認定為陸資，在臺分公司並無不法。
雖然阿里巴巴登記在臺業務，早已列為臺方對大陸開放項目。但臺經濟部門對阿里巴巴回復不以為然。據稱，因為臺經濟部門探知，阿里巴巴的合夥人制度設計，大股東SoftBank與Yahoo相加持股比將近五成，雖非直接陸資，但應允支援阿里巴巴所提的董事人選，也就是說，SoftBank、Yahoo加上阿里巴巴之持股逾6成，擁有優勢表決權，已符合陸資對阿里巴巴公司具控制能力之條件。
據透露，臺經濟部門已發文要求阿里巴巴必須在上半年補件登記，並符合大陸地區人民來臺投資許可辦法，重新申請以陸資身份赴臺。阿里巴巴正面臨三大選擇：主動補程式以陸資身份申請赴臺、讓陸資無公司實質控制權，如果繼續相應不理，最快半年會遭撤資。
對此，阿里巴巴集團表示，旗下B2B事業是2008年以新加坡子公司名義，在臺灣申請註冊。當時新加坡阿里巴巴電子商務股份有限公司是在開曼群島註冊的阿里巴巴網路有限公司的全資子公司，若臺灣主管機關認為有需要，阿里巴巴會按規定程式補充數據或進行申請。
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