據臺灣媒體報道，2012選前喧騰一時的宇昌案，特偵組經過9個多月調查，認定蔡英文擔任宇昌董事長並非她既有規劃，更未將“國發基金”中飽私囊；“經建會前主委”何美玥也查無犯罪事證，全案簽結，蔡英文全身而退。
不過，曾擔任“政務委員”、“經建會主委”、“國發基金”召集人的胡勝正，後來擔任臺懋生技董事長，是否違反公務員旋轉門條款；以及負責潔生、臺懋及宇昌公司登記者是否涉嫌登載不實文書，特偵組發交臺北地檢署另行偵辦。
“國發基金”管理會前副執行秘書何俊輝曾親自前往蔡英文住所、辦公室，就投資宇昌案的計劃書版本提供意見，可能涉行政責任，移由“監察院”調查。
特偵組主任陳宏達指出，綜觀資金流向追查，蔡英文家族投入宇昌公司的都是自有資金，且參與投資的款項均如期、如數匯入公司帳戶；宇昌生技公司的資金流向，也沒有中飽私囊、非法濫用。
據調查，蔡英文卸任“行政院副院長”後到美國參訪生技產業，協助宇昌公司募資，後來由家族事業潔生投資、臺懋生技、臺懋創投轉投資宇昌。宇昌原本希望由“中研院士”何大一擔任董事長，但何旅居美國，蔡英文獲大股東推舉出任董事長。
潤泰集團以1億多元（新台幣，下同）的代價買下潔生投資在臺懋的股權，扣除成本，蔡家只獲利1400多萬元。
“國發基金”投資宇昌案的主要推手，是“中研院院長”翁啟惠與何大一等人。至於“國發基金”後來不參與南華生技投資案，是因南華生技原擬合作的公司被並購，且南華生技未能對技術來源及投資架構作明確說明；與“國發基金”決定投資宇昌案無關。
