臺灣特偵組在臺灣司法系統中佔有重要的地位，更是各級檢察官大顯身手的場所。
特偵組全稱是“最高法院檢察署特別偵查組”，是2006年新設置的一個特殊的偵查機構。特偵組設置於“最高法院檢察署”之內，由6至15名檢察官組成，受“檢察總長”指揮。除了偵辦高階領導人的貪瀆案件外，特偵組的另一項重要職責就是在地區領導人或“立法委員”選舉時，偵查處理選務機關、政黨或候選人涉嫌重大舞弊事件或妨害選舉的案件。這類案件影響範圍大，涉及人物層次高，政治敏感度高，以特偵組的位階進行偵辦，外界不會質疑其客觀性。在選舉之年，特偵組的作用尤為突出，其角色格外敏感。
特偵組成立的目的，在於使原設于“高檢署”之下的“查緝黑金中心”法治化，擔負打擊黑金及權貴犯罪的任務，專辦人民深惡痛絕的高官貪污、選舉舞弊等重大案件，以呼應人民“反貪瀆的訴求”。特偵組是以提高層級和團隊作戰的方式，試圖設立一種可以超越于政治之外，不畏權勢，偵辦涉及高層官員的重大刑案的辦案隊伍，人民期待特偵組應是勇敢“打老虎”的正義化身。特偵組辦案不受轄區的限制，可以在全臺灣辦案，並行使各種職能，包括偵查、提起公訴、指揮刑事裁判的執行等。特偵組對所偵辦的案件直接可以用特偵組的名義提起公訴，且直接由特偵組檢察官到法庭出席辯論。特偵組位高權重，又具有高度政治特性，為防止特偵組濫用權力，法律特別規定：特偵組偵辦的貪污、選舉舞弊案件偵查終結後，“立法院”可以決議要求“檢察總長”到“立法院”報告並接受質詢。
特偵組成立以來，成功偵辦了臺灣地區領導人陳水扁貪污案、臺北市長馬英九“首長特別費”案、臺灣高等法院多位法官集體貪污案、臺“行政院”前秘書長林益世貪污案等具有重大社會影響的案件，績效卓著。
特偵組的成立背景和工作表現，不僅與臺灣特有的民主政治和檢察制度息息相關，亦反映出臺灣特有的藍、綠政黨勢力的消長過程。2013年“九月政爭”爆發之後，特偵組因所謂違法監聽、濫權泄密失誤，在媒體和“立委”的狂轟濫炸之下，公信力受到重創，進而陷入存廢與否的爭議。
以綠營人士為主的一種觀點認為，應當修法裁撤特偵組。首先，特偵組檢察官偵查犯罪的權力，事實上與一般地區檢察官無異。法律僅規定了特偵組的組織架構，並沒有賦予特偵組的特殊權力。其次，檢察總長有案件收取權、案件移轉權以及案件指揮權，這些權力的行使皆有可能損及“檢察官獨立性”，而進一步造成檢察官難以維持“客觀性義務”，容易造成檢察總長以政治介入干預偵查。第三，特偵組的設置，與“法務部廉政署”相近，有迭床架屋、浪費行政資源之嫌。民進黨人士還指責特偵組“辦綠不辦藍”。
支援保留特偵組的觀點指出，特偵組的制度與運作可以檢討，但特偵組是在國民黨與民進黨兩黨共識下推動成立，成立以來曾辦出不少大案，顯示特偵組確有發揮設立當初的功能，不應輕言廢棄。特偵組具有完整的辦案隊伍和機構體系，其辦案資源遠超過一般檢察官。而且，檢察官皆具備獨立辦案的自主意識，不可能淪為統治者打壓反對黨的工具。國民黨和馬英九認為特偵組現階段仍有存在的必要。
特偵組存廢的爭議充滿了政治算計。一些“立委”之所以痛恨特偵組，或多或少與司法關說案爆發有密切關係，總是覺得特偵組的權力太大，而難以有效駕馭，尤其“立委”的主要業務之一，就是選民服務，難免要替選民關說或關心案件，甚至遊走于法律的邊緣。特偵組的存在，顯然讓這些“立委”如芒在背。
事實上，近年來，臺灣特偵組偵辦高官權貴貪腐確有成效，也能發揮一定的嚇阻防腐作用，確實有其存在的正面價值。最終在各方的博弈之下，特偵組得以保存，但臺立法機構也通過了“通訊保障及監察法”修正條款，嚴格限制了特偵組的權力。具體體現在增加規定檢察官及司法警察官申請調取通信記錄及通信用戶數據的要件；規定偵查中檢察官僅可對偵、他字號案申請監聽，且應說明聲請監聽與本案的關聯性和必要性；新增對監聽進度、對象的控制以及證據排除的適用等。但是，新修正的“通訊保障及監察法”，除造成檢警偵辦犯罪的困難，連警方響應民眾緊急求助，都因動輒撞上法律銅墻而寸步難行。臺灣媒體評論指出，這反映了立法品質的低劣，也顯示當初朝野“立委”在“王柯關說案”發生後一味蠻幹，為了“修理”特偵組而濫行修法設置偵查關卡，除將助長犯罪，也將法修到難以保護善良百姓的地步。2014年10月，臺行政機構不得不再提出“通訊保障及監察法”修正草案，試圖緩解該法的不當修正對實務運作造成寸步難行局面。但該修正案的通過遙遙無期，特偵組反貪除弊的能力已經遭到重創，在此次大選中能否發揮出應有的作用，令人質疑。(張自合)
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