加州魚類和野生動物署認定，沙丁魚群係迷途窒息而死。至於迷途原因，說法不一。
港口海事協調員加布裏埃說，沙丁魚群似乎為躲避赤潮而逃入港口，由於夜間風高浪急受困這一水域。赤潮指海藻等浮游植物短時間內爆發性增殖聚集，引起水體變色。赤潮爆發消耗大量水溶氧，可導致魚群和其他海洋生物缺氧死亡，同時釋放大量有毒氣體和毒素，污染水體。
加州“海洋實驗室”研究人員布倫特·沙伊韋分析，沙丁魚習慣“抱團”，在幾條魚帶領下就會“大規模遷移”。魚群起初可能為躲避風浪遊入港口，隨後窒息而死。雷東多比奇警官菲爾·基南說，沙丁魚群可能受到捕食者追擊，逃入港口。由於空間有限，魚群數量龐大，最終缺氧死亡。
加州大學海洋生物學教授拉斐爾·庫德拉說，沙丁魚喜歡在沿岸淺水區活動。如此大量魚群集聚在港口海域這一相對狹小空間，必然會迅速耗盡水中氧氣，窒息而死。
從今年年初開始，全球至少發生了9起動物大量離奇身亡的事件。不少研究人員說，動物群體死亡現象以前並不少見，只是並未受到關注。這些事件雖然聽著蹊蹺，但一般都有緣由可查，例如冰雹、閃電、龍捲風等自然因素，以及焰火、輸電線、汽車撞擊等人為因素，應理性對待。
不過，大批堅信陰謀論的網友認為，成千上萬隻鳥神秘死亡與一些國家的政府秘密從事電磁武器試驗有關。有人說，美國軍方從10年前就開始研發大規模電磁波武器，很可能是奧巴馬政府進行的某種秘密試驗造成了鳥兒死亡。
也有說法稱這一系列事件是環境恐怖分子所為，他們利用先進科技改變氣候，從而造成大量動物身亡，以此向美國等國家發動環境攻擊。更荒誕的理論認為，有外星人入侵地球，並且已經介入地球人的生活。還有不少人說這根本就是2012世界末日的前兆。
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