近半年來，巴基斯坦與美國的關係趨於微妙，合作裂痕隱現。先是美國特種部隊跨境進入巴基斯坦擊斃“基地”組織前一號人物烏薩馬·本·拉登，引發巴基斯坦強烈抗議；後是美方指認“哈卡尼網路”獲得巴方軍情機構支援，遭到巴基斯坦政府嚴詞否認。
一些分析師認為，26日的空襲事件可能進一步把巴美合作推向“冰點”。分析人士評論稱，這是十年來巴基斯坦同西方關係最緊張的時刻，巴美關係裂痕將繼續加深，兩國反恐合作前途黯淡。
分析認為，此次襲擊與擊斃本·拉登不同。5月2日的突襲事件是精心策劃的結果，而此次北約越境襲擊事件很可能是一起誤傷事件。按照巴方此前的警告，如美國及北約再侵犯巴方主權，將面臨失去巴基斯坦這個盟友的風險。在目前阿富汗撤軍業已啟動、反恐壓力倍增的情況下，美國及北約沒有必要冒這一風險。因此觀察家們更傾向於把此事劃歸為“誤襲”事件，原因是這個受襲檢查站是巴方為了加強邊境管控而新增的，不排除北約在沒有掌握巴方檢查站最新分佈的情況下，對阿巴邊界的武裝分子進行追擊時，誤闖入巴方安全人員控制區域，遭巴方武裝反擊後，北約“痛下殺手”，從而造成傷亡人數最多的單起誤傷事件的可能性。但無論是蓄意也好，誤傷也罷，造成的人員傷亡已是板上釘釘，使本已“風雨飄搖”的巴美關係再受沉重一擊。
美聯社稱，這一事件令美國重建已經千瘡百孔的美巴聯盟的努力遭受重大打擊。美巴聯盟對逐漸結束持續十年的阿富汗戰爭至關重要， 如果巴基斯坦長期關閉北約供給線需要經過的巴阿邊境的兩個關口，就會給聯軍造成嚴重問題。
巴美關係僵局自“本·拉登事件”以來，一直在低谷徘徊。日前因美國大力施壓巴方開刀“哈卡尼網路”，雙邊關係處於新一輪緊張邊緣，兩國軍事機構之間的角力令這場沒有硝煙的戰爭在其他方面顯現，例如新近爆出的涉嫌挑撥巴政府和軍方關係的“備忘錄門”，有分析家便將矛頭指向美國情報部門。
在阿富汗問題上，巴美的分歧也呈公開化態勢。巴基斯坦對於美國迎捧印度在阿富汗問題上發揮積極作用的立場持堅決反對態度，並帶頭在阿富汗問題伊斯坦布爾會議上對美方的主張提出質疑。在反恐合作上，邊境檢查站遇襲事件一齣，巴立即宣佈關閉巴境內通往阿富汗的北約後勤補給線，擺出“不合作”姿態。再加上此前傳出的巴與塔利班組織嘗試和談的報道，都似乎釋放著巴美漸行漸遠的信號。如今再次遭到以美國為首的北約部隊“不分青紅皂白”的打擊並遭受“9·11”反恐合作以來最慘重的“誤傷”，巴美的矛盾正在激化，至少在民間，已經掀起聲勢浩大的反對浪潮。
在巴步入“大選年”的關鍵時期，屈從於選舉政治的巴高層理論上不得不向民意低頭，無論是為了彰顯國家主權，還是單純給選民一個交待，巴政府未來在對美關係上將會有明顯的針對性舉動，巴美關係的裂痕將繼續加深，兩國反恐合作前途黯淡。
然而，巴美關係並不會全面破裂。空襲事件發生後，美方和北約的態度明顯軟化，不希望擴大事態；而巴基斯坦也沒有將和解的大門封死，雖然巴已下令封鎖對駐阿美軍和北約盟軍的後勤補給供應，但能否全面實施和永久實施是個問題，也可能是暫時關閉通道，為與美方進一步討價還價做準備。
事實上，無論是美國還是巴基斯坦，都無法承受徹底翻臉的代價。德國《柏林日報》認為，巴美如果真鬧翻，其結果就是雙方的失敗，北約十年的反恐戰爭可能前功盡棄。
路透社報道說，伊斯蘭堡嚴重依賴美國的高達數十億美元的援助，而且向北約提供幫助給巴基斯坦人提供了大量工作機會。《巴基斯坦快報》的一篇社論說，“事實是，對我國主權的這種入侵已經成為家常便飯，我們已經變得如此依賴美國，我們只能忍著”。
法國《觀點報》的文章稱，這次事件的影響也許不至於一拍兩散那麼糟糕，但的確十分惡劣，註定將令巴美關係進一步複雜化，進而影響阿富汗反恐戰爭的局勢。
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