由於美軍在沖繩的普天間機場搬遷問題遲遲無法取得進展，美方終於失去耐心，開始與日本磋商調整駐日美軍整編計劃。美方打算不再等待日方解決普天間機場搬遷問題，而先將駐沖繩的部分海軍陸戰隊轉移至關島等地。將美國大兵撤出反基地運動盛行的沖繩，這本該是日本求之不得的好事，但日本輿論對此卻產生了各種擔憂。
2006年，日美兩國政府就駐日美軍整編計劃達成一致。按照計劃，美方將把普天間機場從人口密集的宜野灣市中心遷至名護市的邊野古地區，並把處於經濟發達地帶的沖繩島南部的6處美軍基地返還給日本。同時，美方還將從駐沖繩的海軍陸戰隊中抽調8千人駐紮到關島，從而減輕沖繩所承受的基地負擔。當然，日本政府也必須為減負付出相應的代價。這就是要為移師計劃中的60.9億美元埋單。據美方介紹，這60.9億美元只是將沖繩的美軍陸戰隊遷移到關島的總費用的三分之一。
當然，對日本來說錢不是主要問題。問題是沖繩民眾要求將普天間機場徹底遷出沖繩。搬遷問題一拖再拖成為卡在日美關係嗓子眼裏的一根魚刺。而根據駐日美軍整編計劃，美軍陸戰隊移師關島是與普天間搬遷問題掛鉤的。普天間問題得不到進展，移師計劃也就被一再擱置。日美兩國國會近年來每年都要為移師計劃列出專門的預算，而這筆錢大部分都沒有被使用。去年美國國會已經全額刪減了這筆預算。今年1月，美國公佈新的國防戰略，決定大幅削減國防預算並減少地面部隊的人數。在此背景下，美方決定儘快實施駐沖繩海軍陸戰隊的移師計劃，遷至關島的人數從8000人降至4700人，其餘人員則輪流駐紮在夏威夷、澳大利亞和菲律賓等地。
