6月16日至17日，埃及舉行總統第二輪選舉，最終選舉結果將於21日揭曉。此次選舉如此倍受關注，其中一個重要因素與不久前埃及法院審判了前總統穆巴拉克有關。埃及憲政建設能否走上正軌，以建立一個民主和法治社會正考驗著此次總統大選。
6月16至17日，代表伊斯蘭宗教勢力的穆斯林兄弟會領導的自由與正義黨主席穆爾西和代表世俗派力量的前空軍參謀長、穆巴拉克時期最後一位總理沙菲克之間為爭奪埃及總統的寶座進行了第二輪選舉較量。
此次選舉約有5000萬選民參與投票。雖然此次選舉的最終結果還未公佈，影響此次選舉的因素也較為複雜，但無疑，6月2日埃及開羅刑事法庭針對前總統穆巴拉克等人涉嫌謀殺示威者和腐敗案件的一審宣判對此次選舉的影響是不容忽視的。6月2日晚，即宣判的當晚，開羅等城市就爆發了大規模的遊行示威，抗議審判結果；6月4日、5日，在穆斯林兄弟會和“革命青年聯盟”等的號召下，人們又紛紛涌向開羅解放廣場抗議法院對審判的不公，6月5日還被定為百萬人大遊行日；6月8日，開羅解放廣場再次爆發了大規模的遊行示威，打著“人民不要前政權殘余”的口號，以審判結果為導火索，要求廢除總統選舉中進入決勝輪的前總理沙菲克的競選資格；6月14日，埃及最高憲法法院作出裁定，認定去年底至今年年初議會選舉所依據的法律中的部分條款和旨在阻止前政權高官參政的政治隔離法違憲；6月16日，埃及最高憲法法院作出決定，要求人民議會解散。
有評論指出，原本就充滿矛盾的總統選舉因為穆巴拉克的審判結果而更加複雜，尤其是最高憲法法院的這一裁決等於給這次選舉或者說給埃及政局投下一枚不定時炸彈。但是，審判如何精確地影響此次選舉結果卻是一個無法證偽的命題，有關觀點和評論也是各不相同。尤其是針對穆巴拉克的審判，有觀點認為，由於判決太輕，這樣的判決會讓穆巴拉克集團死灰複燃，因此，在這樣的情況下，民眾會更多地選擇穆爾西，儘管這些選民對穆爾西也不滿意，但更害怕前政權的復辟。
還有一種觀點認為，由於近期圍繞著穆巴拉克的審判，穆兄會組織的遊行示威活動超出了抗議的範圍，引發了大規模的暴力和混亂，如6月2日晚的遊行就至少造成61人受傷，這樣追求“安全與秩序”又會成為選民的首要選擇，那麼沙菲克的支援率必然會上升；此外，還有觀點指出，由於大批選民對審判結果的不滿會抵制第二輪的選舉，事實上在第一輪選舉和之前的議會選舉中，不少民眾就選擇了這種方式。
