阿拉法特之死重新成為國際熱點，這對巴以關係可能是非常不好的徵兆。如果在這一事件中雙方不夠克制，不能相互從對方的角度去理解對方，就可能將歷史恩怨重新激發出來，也很可能會將近年來的和談成果統統消耗掉，從而將雙方的關係推向一個逐級緊張的新惡性迴圈之中。
阿拉法特開棺事件很可能會引發巴以之間新一輪的緊張局勢。具體而言，理由如下：
第一，這件事情的出現強化了巴勒斯坦人對阿拉法特死亡事件的回憶。巴勒斯坦人認為，以色列長期就有刺殺阿拉法特的計劃，而且，在阿拉法特死後，以色列極右派還宣揚阿拉法特是同性戀，並妄稱阿拉法特可能死於艾滋病。因此，當巴勒斯坦人在回憶這段歷史時會很容易想起這些相關事件，並把這些事件定義為以色列對巴勒斯坦精神領袖的仇恨和侮辱。這種回憶無疑會使巴勒斯坦對以色列的敵視情緒進一步加深。
第二，這件事情也激發了以色列對巴勒斯坦的不信任感。以色列人會猜測說，巴勒斯坦人在有意製造事端。以色列指出了幾個疑點。例如，八年前阿拉法特遺孀蘇哈堅決反對驗屍，而為什麼現在又支援驗屍？再如，以色列的放射性物質專家伊利·卡蒙博士分析認為，根據放射性物質半衰期推算，如果當年阿拉法特死於釙中毒，那麼在他遺物上發現的釙－210應該只剩下很小的量，而不可能在8年之後仍有如此高的含量。簡言之，釙出現在阿拉法特遺物上的確可疑，不能排除是在他死後放上去的。
第三，開棺後的驗證可能也不會消除雙方的誤解，反而會增加雙方的不信任。如果證明阿拉法特遺體上的釙－210含量較低，那麼以色列人會認為，他們之前的假設是正確的，即阿拉法特並不是被毒死的，是巴勒斯坦人在製造事端。然而，在巴勒斯坦人看來，這種證明仍然無法排除阿拉法特不是被暗殺的。釙－210的半衰期是138天。英國政府的輻射保護專家勞埃德就懷疑目前可能收集不到足夠證明中毒的釙－210。簡言之，巴勒斯坦人會認為，因為釙衰變較快，所以當時致死阿拉法特的釙可能現在已經檢測不到了。
如果證明阿拉法特遺體上的釙－210含量較高，那麼巴勒斯坦人則會認為，確實是以色列毒死了他們的精神領袖。然而，以色列人卻可能還會認為，是巴勒斯坦人事後有意安排了這場中毒事件。開棺可能並不能充分地回答之前以色列人提出的那些疑問。因此，無論哪一種開棺的結果，都會將雙方多年的不信任激發出來。當然，後一種結果對巴以局勢可能有更加負面的影響。
第四，由這一事件所激發的不信任還會加速巴以雙方國內勢力的分裂。在以色列，這種分裂會表現為極右勢力進一步對政治施加影響，從而推動以色列政府對巴勒斯坦採取更為強硬的外交和軍事姿態。在巴勒斯坦，這種分裂會導致法塔赫和哈馬斯的整合中斷，並可能會使得哈馬斯重新回到激進策略上去。這兩種國內分裂可能還會相互激發進一步的惡性迴圈。哈馬斯的激進行為會導致以色列極右勢力的進一步發展，而以色列極右勢力的強硬姿態則又會激發哈馬斯進一步的激進抗爭行為。這樣的迴圈會把雙方的談判基礎逐漸消解掉，從而使雙方陷入以暴制暴的惡性怪圈之中。
