2008年12月31日，胡錦濤總書記在對臺工作重要講話中強調，“我們要牢牢把握兩岸關係和平發展的主題，積極推動兩岸關係和平發展，實現全民族的團結、和諧、昌盛”。這一講話站在中華民族的高度，十分突出地揭示了兩岸關係和平發展與實現全民族團結、和諧、昌盛的內在聯繫。馬克思在《〈黑格爾法哲學批判〉導言》中有句名言：“理論在一個國家的實現程度，決定於理論滿足於這個國家的需要的程度。”為適應新形勢發展的需要，積極倡導兩岸關係實現和諧發展，努力探討兩岸關係和諧發展的具體路徑，是豐富兩岸關係和平發展內涵的需要，也是對臺研究工作者面臨的重要課題。
2009年3月，中共中央臺辦、國務院臺辦主任王毅在接受央視記者專訪時提出，要進一步開創兩岸關係和平發展新局面，就必須“為兩岸關係和平發展不斷注入新的重要內涵”。筆者認為，兩岸關係和平發展需要注入的新的內涵可分為兩個層面，一是實踐內涵，一是理論內涵。從可供操作的實踐內涵看，我們已相繼提出很多新課題，譬如：大力加強兩岸文化教育交流合作、商簽文教協議；兩會協商由經濟性議題擴展到共同打擊犯罪及開展司法互助等社會性議題；通過兩岸協商，以雙方都能接受的方式來逐步探討政治和軍事等敏感問題等等。這些議題重在解決兩岸交流交往所產生的重大實踐問題，對於推動兩岸關係和平發展進程具有重要意義。但是，另一方面，我們更要注重為兩岸關係和平發展不斷注入新的理論內涵，使和平發展新局得以鞏固與持續。和諧發展既是兩岸關係和平發展的基礎與動力，也是兩岸關係和平發展的必然結果。在構建兩岸關係和平發展框架的過程中，加強對和諧發展這一重要理論問題的研究，將會使和平發展的理論內涵更加充實和豐富。
和諧發展是兩岸關係和平發展過程與目標的相互統一。對於和諧發展，當然會有人提出質疑，在結構性矛盾並未解決的情況下，兩岸能夠達成和諧發展嗎？如果“臺獨”政黨重新執政，和平都難以保證，還能侈談和諧嗎？本文當然應該回答這些問題。首先，和諧發展不僅是我們要爭取實現的重要目標，同時更要通過追求目標的過程，強化與確保兩岸關係的持續和平發展。也就是說，在現階段，強化過程應該重於目標追求，過程對於發展具有十分重要的意義。而且，要用和諧發展的方式爭取達成一種現實目標，通過不斷累積而取得階段性成果。追求和諧發展的過程，既是兩岸關係和平發展不斷深化的過程，也是逐步構建兩岸關係和平發展框架的過程。其次，和諧只是一個相對的概念。無論是從人與自然的關係，還是從人類發展的歷史或國際關係發展史看，都沒有絕對的和諧。即使達成一定程度的和諧，但大多也是有一定時間跨度的和諧。因此，即使兩岸關係能夠實現某種狀態下的和諧發展，也只是一個動態而非常態式的發展狀態。第三、“臺獨”分裂勢力存在於臺灣社會將是一個長期現象，政黨輪替也會成為島內政治發展的常態，但我們並不能因為民進黨可能重新執政就放棄對目標的追求。兩岸關係的和諧發展與任何事物的發展一樣，都有可能出現反覆。如果“臺獨”政黨重新執政，兩岸矛盾性質發生變化，和諧發展也會自然隨之中止。也就是說，只有在對抗性矛盾居於次要地位時，兩岸的和諧發展才有可能達成。這與歷史的螺旋式發展進程並不矛盾。第四、和諧發展是一漸進的歷史過程，也是一項涉及兩岸經濟、文化、社會與政治的系統工程，並非一蹴而就。
和諧發展理應成為兩岸民眾的共同價值觀。提出兩岸和諧發展的目的，並不在於設定一個絕對的靜止的對象物，最重要的是“確立了一種以和諧為取向的帶有根本性的價值目標”，從而要求我們不斷地朝著這樣的目標前進。而且，隨著經濟全球化進程的加快和各種思想文化的相互激蕩，“價值認同的和諧已經越來越重要”。從兩岸關係的深層發展看亦是如此，兩岸和諧發展不僅應包括相互之間的利益和諧，更應包括兩岸價值觀念的接軌與和諧。2008年以來兩岸關係所發生的歷史性轉折，最突出的一個特點是兩岸的共同利益越來越廣泛。但也應看到，隨著兩岸關係發展的深化，僅靠惠臺讓利、擴大共同利益基礎，靠利益的“量”或“向”的調節，已無法適應形勢發展的快速變化。目前這種共同利益多而共同價值少的發展模式，將會使兩岸關係發展中的局限性和不穩定性逐漸凸顯。由於價值觀是關於價值的一定信念、傾向、主張和態度的系統觀點，起著行為取向、評價標準、評價原則和尺度的作用，影響人們對周圍客觀事物的意義、重要性的總體評價和看法，因此，兩岸應採取共同的戰略與政策，著力塑造兩岸民眾均可接受的共同價值、首先是和諧發展的價值取向，從而引導兩岸關係和平發展方向，鞏固和平發展基礎。李登輝與陳水扁執政期間，島內原有的許多價值觀念已被打破與顛覆，新的價值體系尚待建立。兩岸應擱置意識形態爭議，大力創造和諧發展價值觀形成的內外環境，建構越來越多的兩岸共同價值，並使之成為形成兩岸命運共同體的重要紐帶。
兩岸關係和諧發展必須建立制度保證。兩岸關係的和諧發展單純依靠價值觀、依靠道德的自我約束力是難以為繼的。從金門協議到汪辜會談，從國共兩黨高層會晤安排到兩會協商制度的建立，從兩會簽訂的14項協議再到經濟合作框架的簽署，均體現了兩岸制度化建設的成果。為此，兩岸之間必須要建立管理衝突或相互合作的制度化安排，這一點在今後的兩岸關係發展中尤其重要。
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