南京明基醫院是臺灣明基友達集團與南京市國資集團投資設立，經國家衛生部批准的中外合作股份制醫院。醫院坐落在南京河西新城，佔地600畝，一、二期400畝為醫療用地，三期200畝為科研用地。一期佔地200畝，依三級綜合性醫院標準建設，建築面積22萬平方米，設置床位1500床。2008年1月試營運，同年5月正式運作。
開業近七年以來，導入臺灣與國外先進的醫療模式與管理思想，引進優秀的兩岸醫療人才，倡導“以病患為中心全人醫療”的服務理念，秉持“追求人類健康照護之“真、善、美”的服務本源。醫院導入臺灣醫療服務模式，“主診醫師負責制”、“主護護理模式”、“門診跟診制”、“藥師用藥指導”，為實現優質的醫療服務與高效的醫院管理奠定了基礎，受到病患的好評與信賴，至今已為逾四百萬南京地區民眾提供臺灣模式的醫療服務，被南京市政府列為青奧醫療服務指定醫院。
截止2015年2月底，醫院已開放床位1200張，日佔床近850床，佔床率70%左右，日門、急診近3000人次，已累計服務病患逾400萬人次。醫院現有員工1500人。醫師近400人，其中海峽兩岸高級專家近100人，國務院津貼獲得者4人，臺灣醫療專家10人，醫技及藥劑人員146人，護理人員近700人。
2011年南京明基醫院被省衛生廳審核評為三級醫院。醫院現有一、二級科室35個，醫療輔助檢查科室8個，醫學診療技術中心6所。其中醫院胸腔外科被衛生部評為國家重點建設學科，泌尿外科、皮膚科、放射科評為省、市重點學科。是省衛生廳指定的“住院醫師規範化培訓”基地，也是南京醫科大學附屬醫院，東南大學、中醫藥大學等教學醫院。
醫院設有國際醫療中心，開設特需門診、醫療美容、產後護理之家、健康檢查等醫療項目，為民眾與外籍人士提供多元多層次的醫療選擇。未來，醫院將依據臨床需要，拓展重點婦產科、兒科、心臟科、神經內科等科室的專科建設，發展老年保健、康復醫療、健康管理等民眾急需的醫療服務項目。
