對於臺灣問題，奈伊指出，美國並不會挑戰中國的主權，卻希望和平解決臺灣問題。

　　奈伊強調，與中國維持良好的關係，符合美國廣泛的國家利益。他認為，幫助臺灣成為在聯合國有席位的“主權國家”，並無助於美國國家利益。他甚至指出，臺灣某些人士推動這樣的政治訴求，可能造成誤判局勢的危險，也引起美國與中國的不和。

　　奈伊認為，臺海問題未必會導致美國與中國的衝突。中國不斷在改變，臺海兩岸之間的經濟及社會層面的接觸也愈來愈頻繁。

　　奈伊指出，美國對於臺海局勢的演進提出兩項原則：臺灣不“獨立”，大陸不動武。但是，臺灣政黨的競爭可能觸發意外狀況，美國應鼓勵兩岸之間更積極的接觸及談判。

　　他說，雖然目前還無法預知中國會如何演進，卻沒有必要破壞好的前景。他認為，雙方都應該注意，不要讓臺海問題導向衝突。（沈鵬）