會議開始前，中共中央政治局常委、全國政協主席賈慶林親切會見了全體代表併發表重要講話。賈慶林代表黨中央、國務院對海協會第二屆理事會第一次會議的召開表示熱烈祝賀，對海協會以往在推動兩岸關係發展中發揮的積極作用給予高度肯定，對即將產生的海協會第二屆理事會的工作給予熱情勉勵。
賈慶林指出，通過協商談判推動兩岸關係發展和祖國和平統一進程，是我們黨和政府一貫的方針政策。今年３月下旬以來，臺灣局勢發生積極變化，“臺獨”勢力及其分裂活動遭到沉重打擊，兩岸關係發展面臨多年來難得的歷史機遇，兩岸同胞比以往更熱切地期盼兩岸關係改善與發展。恢復兩岸協商談判並取得實際成果，是當前兩岸關係改善和發展的重要標誌。海協會新一屆理事會承擔著新形勢下推動兩岸關係和平發展的重要任務，要堅持在“九二共識”基礎上與海基會進行商談，秉持“建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏”的精神，先易後難，先經濟後政治，循序漸進，務實解決兩岸同胞關心的問題，推動兩岸協商談判不斷取得進展，在兩岸關係發展中發揮積極作用。賈慶林希望海協會按照黨的十七大關於對臺工作的總體要求，堅定不移地貫徹中央對臺工作的大政方針，遵循建會宗旨，認真履行職能，在中央的領導下，在各有關方面的支援配合下，同心協力，為開創兩岸關係和平發展新局面作出重要貢獻。
國務委員戴秉國出席會議，併發表重要講話。戴秉國指出，這次會議對於儘快恢復海協會與海基會的交往與商談、努力開創兩岸關係和平發展新局面具有重要意義。戴秉國說，我們應當緊緊抓住兩岸關係發展面臨的難得歷史機遇，努力開創兩岸關係和平發展的新局面。兩岸協商談判的進展，歷來是兩岸關係發展水準的重要標誌。當前，海協會與海基會均已表示在“九二共識”的基礎上恢復聯繫往來和協商談判。希望海協會與海基會復談後，優先協商解決兩岸同胞期待已久的兩岸週末包機和大陸居民赴臺旅遊問題，爭取儘快簽署協議，儘早實施，以滿足兩岸同胞的迫切願望。戴秉國還表示，在今後的兩岸協商談判中，雙方要維護“九二共識”這一兩岸協商談判的政治基礎，擱置一時不易解決的問題，先解決可以解決的問題，以利推動兩岸關係取得實際進展，最終在兩岸關係發展的過程中創造條件，尋求解決兩岸關係中歷史遺留問題和可能遇到的新問題的辦法，還要努力解決兩岸同胞交往中遇到的實際問題，保持兩岸關係和平發展的勢頭。
中共中央臺灣工作辦公室、國務院臺灣事務辦公室主任王毅出席會議並講話。王毅充分肯定了海協會十年來取得的工作成績，希望海協會在新形勢下承擔起推進兩岸協商談判進程的重要使命。今後海協會要根據兩岸關係形勢發展和對臺工作需要，與海基會就今後協商議題和步驟作出規劃，努力解決兩岸同胞關心的問題，推動兩岸人員往來和經濟文化交流，推動兩岸全面直接雙向“三通”進程；並且在建立互信、擱置爭議、求同存異、共創雙贏的過程中，積極創造條件，尋求解決兩岸關係和平發展中遇到的問題，為構建兩岸關係和平發展框架而努力。中共中央臺辦、國務院臺辦將一如既往地支援海協會的工作，保障海協會職能的順利履行。
海協會第一屆理事會常務副會長李炳才代表上一屆理事會作了會務報告。李炳才指出，海協會在臺海局勢風雲變幻、兩岸關係十分困難的情況下，繼續高舉兩岸協商談判的旗幟，維護兩岸協商談判的政治基礎；發揮受權民間團體作用，堅決反對和遏制“臺獨”分裂活動；與臺灣和海外贊成發展兩岸關係的團體和人士開展廣泛的聯繫與合作；協助有關部門和地方妥善處理兩岸同胞交往中遇到的問題，維護兩岸同胞的正當權益，開展了大量工作，付出了艱辛努力。
會議閉幕時，新當選的還協會會長陳雲林發表講話，向新一屆理事會報告了海協會近期工作設想。陳雲林說，海協會與海基會已經互致函電，都表明瞭在“九二共識”基礎上儘早恢復商談的立場，兩會商談即將重新開始。海協會將按照黨中央、國務院對海協會工作的明確要求，根據授權，切實發揮海協會通過與海基會商談推動兩岸關係發展的重要作用。海協會已經做好接待海基會董事長江丙坤及兩會恢復接觸後首次會談的準備，希望兩會恢復商談的第一步能夠順利邁出，兩岸週末包機、大陸居民赴臺旅遊兩項商談能夠取得積極成果。海協會將本著先易後難、循序漸進的精神，與海基會就今後的協商議題和步驟做出規劃。海協會已得到授權，就大陸同胞贈送臺灣同胞的一對大熊貓早日到臺灣安家落戶事宜，與海基會協商做出安排。海協會還將積極推動海協會與海基會領導人互訪，以進一步提升兩會交往水準。陳雲林表示，海協會將繼續充分發揮受權民間團體的特點和優勢，加強與臺灣各界社會團體和人士的聯繫和交往；繼續協助有關方面促進兩岸各項交往和交流，推動兩岸人員往來和經濟文化交流邁向新層次、新水準；繼續協助有關方面處理好兩岸同胞交往中遇到的問題，維護兩岸同胞的合法權益。海協會一定要珍惜並抓住兩岸關係改善發展的難得機遇，推進兩岸協商談判進程，為構建兩岸關係和平發展框架，作出歷史性的貢獻。
