一、 關於閩臺農業合作的基本原則
條例總則第三條規定了閩臺農業合作的基本原則，即："優勢互補、互利共贏、全面合作、共同發展"。這條原則不僅符合閩臺
農業合作的實際要求，而且體現了閩臺農業合作的內在邏輯聯繫。"優勢互補"是合作的基礎，"互利共贏"是合作的關鍵，"全面合作"是合作的方向，"共同發展"是合作的目標。閩臺農業合作是雙向合作、全面合作，全面合作就是全方位的合作，閩臺農業的"農業"是"大農業"概念，包括種植業、林業、畜牧業和漁業等產業，包括與其直接相關的產前、產中、產後服務。
二、 關於從事閩臺農業合作臺灣同胞的待遇
為了促進臺灣同胞來閩從事農業合作，條例第四條明確規定："從事閩臺農業合作的臺灣同胞，與本省居民享有同等的投資待遇，享受同等的優惠政策和優質服務"，根據這一總體性規定，條例在第二十條、第二十一條、第二十二條、第二十三條、第二十四條等條文中對從事閩臺農業合作臺灣同胞的待遇作了具體規定，如可以申報農業產業化龍頭企業和品牌農業企業，無公害農產品、綠色食品和有機食品標誌使用權，中國馳名商標、中國名牌產品、中國名牌農產品、福建省著名商標和福建省名牌產品等，經認定後享受縣級以上地方人民政府相應的優惠政策；可以申報評審農業專業技術職務任職資格和職業技能鑒定；在農業保險、救濟救助方面，與本省居民、企業享受同等待遇。
三、 關於政府的服務和保障職責
促進閩臺農業合作，政府的服務和保障至關重要。條例第五條規定："省人民政府應當將閩臺農業合作納入本省國民經濟和社會發展規劃，制定促進閩臺農業合作的政策措施"。第六條規定："縣級以上地方人民政府主管閩臺農業合作工作的部門負責本行政區域內閩臺農業合作的組織、協調和服務工作。縣級以上地方人民政府其他有關部門根據各自職責，負責閩臺農業合作的相關工作"。第十七條規定："地方各級人民政府及其有關部門應當加強閩臺農業合作的服務工作，改善投資環境，提高辦事效率，嚴格依法辦事，切實保障臺灣同胞和閩臺農業合作企業的合法權益"。第十八條規定：" 省人民政府設立閩臺農業合作專項資金，市、縣（區）人民政府根據需要設立閩臺農業合作專項資金。閩臺農業合作專項資金列入同級財政預算。閩臺農業合作專項資金用於閩臺農業合作重點項目建設、交流平臺建設、科技研發與推廣、人員培訓與交流活動等"。
此外，為了明確有關部門的服務保障職責，條例第三十條、第三十一條、第三十二條第對資訊、工商登記、海關、檢驗檢疫服務等作了規定："縣級以上地方人民政府和有關部門應當依法及時公開相關資訊，為閩臺農業合作提供政策諮詢和資訊服務"；"臺灣同胞從事閩臺農業合作的，可憑其合法、有效的主體資格證明或者身份證明及相關文件材料辦理工商登記；在大陸和臺灣地區以外第三地投資設立公司並以其名義來閩投資的，在辦理登記時經大陸和臺灣地區以外第三地相關部門證明確屬臺資控股或者獨資的，其投資主體資格證明可免予公證和認證"；"海關、檢驗檢疫等有關部門應當依法為閩臺農業合作提供通關便利和優質服務"。
四、 關於鼓勵閩臺農業合作與交流
為了提升閩臺農業合作的層次，擴大閩臺農業合作的領域和交流範圍，條例規定了一系列的促進措施。條例第八條明確規定鼓勵從事的閩臺農業合作項目，包括農業綜合開發，良種引進、繁育、試驗、示範和推廣，特色農產品生產經營，農業高新技術，農產品精深加工業，新型農用工業，農產品物流業，休閒農業等領域，從事以上合作項目的，享受國家和本省相應的扶持政策。條例第十二條規定："鼓勵企業、教學科研機構和個人開展閩臺農業合作與交流。鼓勵臺灣同胞在本省從事農業科研、教學、培訓、諮詢等活動。臺灣同胞可以單獨或者與企業、教學科研機構等組織合資、合作在本省設立農業科技研發、推廣機構。臺灣同胞可以依託其所在的企業、教學科研機構作為項目負責人，申請農業科研項目。鼓勵本省科技人員、經營管理人員和教學人員赴臺開展農業合作與交流活動"。
此外，條例第九條、第十條、第十一條、第十三條還規定了臺灣同胞可以代理閩臺農業合作招商業務，開展閩臺農業合作項目的策劃,參與舉辦農業經貿活動；從事閩臺農業合作的臺灣同胞，可以依法發起或者參加農民專業合作經濟組織；臺灣同胞可以在市、縣（區）工商行政主管部門直接登記申請設立個體工商戶；鼓勵設立臺灣農業技術、新產品推廣中心等。
五、 關於臺灣農民創業園和閩臺現代農業合作示範區
臺灣農民創業園和閩臺現代農業合作示範區，是臺灣同胞來閩創業的重要基地和閩臺農業合作的重要載體，可以發揮整合資源、集中招商、產業聚集、試驗示範、輻射帶動的作用。對此，條例第五條第二款規定"省人民政府應當發揮海峽兩岸農業合作試驗區、現代林業合作實驗區的窗口、示範和輻射作用，促進對臺農業資金、技術、良種、設備等生產要素的引進與合作"。條例第十九條對臺灣農民創業園和閩臺農業合作示範區的設立和資金支援等作了具體規定："經國務院有關部門或者省人民政府批准，縣級以上地方人民政府可以設立臺灣農民創業園和閩臺現代農業合作示範區。縣級以上地方人民政府對臺灣農民創業園和閩臺現代農業合作示範區的基礎設施建設、重點農業高新技術項目給予資金支援。對臺灣農民創業園的用地規模和佈局，縣級以上地方人民政府在土地利用總體規劃中予以統籌安排；對臺灣農民創業園內符合條件且已核準的閩臺農業合作項目，在依法、節約、高效的前提下，優先協調用地"。
六、 關於閩臺農業合作用地
土地、林地、海域作為閩臺農業合作的生產要素，對促進閩臺農業合作具有重要作用。對此，條例第二十七條、第二十八條對閩臺農業合作取得土地、林地、海域使用權等作了具體規定:"閩臺農業合作項目需要使用農村家庭承包經營土地的，可以按照依法自願有償原則，通過流轉方式取得農村土地承包經營權；需要使用其他農村集體土地的，可以通過招標、拍賣、公開協商等方式取得荒山、荒灘等土地承包經營權。所在地人民政府在農民自願和維護承包農戶權益的前提下，依法做好農村土地承包經營權流轉的相關服務。農村集體經濟組織及其成員可以依法以集體土地使用權、土地承包經營權、林地使用權或者海域使用權入股與臺灣同胞合作從事農業開發"，" 閩臺農業合作項目需要使用海域的，可以依法申請取得海域使用權"。
七、 關於貸款和融資
貸款和融資是從事閩臺農業合作的臺灣同胞遇到的一個重要問題，也是條例規定的一個亮點。條例第二十五條規定："鼓勵金融機構開發、創新適合閩臺農業合作項目的金融產品和服務，增加對閩臺農業合作項目的信貸投入。臺灣同胞可以依法將其生產設備，交通運輸工具，建築物和其他土地附著物，建設用地使用權，以招標、拍賣、公開協商等方式取得的荒山、荒灘等土地承包經營權，海域使用權等作為抵押財產，向金融機構申請貸款"。此外，條例第二十六條還規定："鼓勵金融機構在閩臺農業合作集中地區設立分支機構。臺灣同胞可以依照國家有關規定成立專業性擔保公司，為臺灣同胞提供融資擔保服務"。
八、 關於權益保障
閩臺農業合作需要一個良好的投資環境，需要對投資者的合法權益給予有力保障。對此，條例第三十三條、第三十四條、第三十五條對閩臺農業合作投資者的合法權益保障作了規定："涉及閩臺農業合作的行政事業性收費項目和標準，應當按照法律、法規、規章的規定執行。禁止向閩臺農業合作企業違法集資、徵收財物、攤派費用或者違法要求履行其他義務。除法律、法規、規章和省人民政府規定或者授權外，任何單位或者個人不得到閩臺農業合作企業檢查，不得強制閩臺農業合作企業參加培訓班或者評比活動"；"閩臺農業合作企業和臺灣同胞個體工商戶的財產權、經營權受法律保護。閩臺農業合作企業和臺灣同胞個體工商戶依法取得的土地承包經營權、建設用地使用權、林地使用權和海域使用權，因公共利益需要依法被收回的，有權獲得相應的補償"；"閩臺農業合作企業和臺灣同胞個體工商戶的合法權益受到侵害時，可以向有關部門反映，或者向臺灣同胞投訴協調機構投訴，有關部門和臺灣同胞投訴協調機構應當在三十日內給予答覆、處理；也可以依法向人民法院提起訴訟"。
