臺商投資企業持憑下列證件向海關辦理註冊登記：
（1）國家有關管理部門或者授權部門批准的證件副本或影印件；
（2）工商行政管理部門核發的營業執照副本或影印件；
（3）企業的可行性研究報告、公司合同、章程（外資企業只需交送公司章程）及公司需進口的生產設備、交通運輸工具、辦公用品等明細表。
進出口貨物報關手續
進口
1、臺商投資企業在取得海關註冊登記證明書後，企業報關員經由海關培訓考核取得報關員證後，海關方可接受其企業的進出口貨物報關手續。臺商投資企業可自行、也可委託有代理權的公司向海關辦理進出口報關手續。
2、進口貨物報關時，貨物所有人或其代理人須填寫進口貨物報關單一式4份，並交驗下列單證：
（1）除臺（外）資企業和為履行產品出口合同所需進口的料、件外，凡屬實行進口許可證管理商品，都需向海關交驗進口貨物許可證。
（2）進口貨物發票（如原材料和其他貨物同時進口時，應分別交驗發票）。
（3）進口貨物裝箱單（散裝貨物除外）。
（4）進口貨物運單。
（5）對應進行商品檢驗、動植物檢驗、食品檢驗或其他限制貨物（如無線電器材、程式控制電話等）需交驗有關主管部門的批件或有關主管部門在進口貨物報關單上加蓋已報驗的印章。
（6）海關認為必要時，還須交驗訂貨卡、訂貨合同、產地說明或其他所需的有關證件。
（7）需按進口的不同貨物、物品隨附海關核銷登記表（即機械設備、交通工具、辦公用品、料件、常駐人員5種核銷表）。
3、進口貨物的收貨人應當自運輸工具申報進境之日起14日內向海關申報，超過規定期限未向海關申報，由海關按規定徵收滯報金。
出口
臺商投資企業可自行或委託有代理權的公司向海關辦理出口貨物的報關手續，除來料加工外，臺商投資企業出口的產品屬實行出口許可證管理的商品，須向海關交驗出口貨物許可證；對應進行商品檢驗或其他規定的出口貨物，應由主管部門在出口報關單上加蓋印章或交驗有關證件。
