2001年1月
金門、馬祖客船首次直航廈門、福州馬尾港，實現海上客貨直航。
1月28日，福州馬尾經濟文化合作中心代表與馬祖地區代表在福州簽署了《福州馬尾-- 馬祖關於加強民間交流與合作的協議》。
臺灣當局開放金門、馬祖與福建沿海“小三通”。
2001年2月
2月6日， 廈門“鼓浪嶼”號客船載著75名居住在廈門的金門籍同胞，從廈門首次直航金門探親。
臺灣銀行金門分行由原簡易外匯銀行分行升為功能齊全的外匯指定銀行，自3月1日起辦理各項海外匯款業務。
2001年3月
廈門市兩岸交流協會代表與金門地區兩岸關係交流協會代表簽署了《關於加強廈門與金門民間交流交往合作協議》。
2001年7月
福建省組織了晉江市50家知名企業、2000多件產品首次赴金門舉辦“晉江市名優特產品金門展銷會”，這是祖國大陸產品首次在臺灣地區展銷。
福州馬尾經濟交流合作中心組團赴馬祖考察，這是福建船舶首次直航馬祖。
臺灣召開“經發會”，在兩岸“三通”方面達成如下共識：
(1)配合加入WTO進程，開放兩岸直接貿易及兩岸直接通郵、通訊等業務。
(2)整體規劃兩岸“通航”事宜，並通過兩岸協商予以落實推動。
(3)擴大“境外航運中心”功能及範圍，開放貨品通關入境。
(4)積極評估建立“經貿特區”。此後，臺灣當局以“積極開放、有效管理”取代“戒急用忍”政策。
2001年11月1日
海南三亞飛行責任區改由大陸空中交通管制部門負責，臺灣5家航空公司的飛機飛行東南亞國家的航班均使用該航路，大陸航管部門為臺灣航空公司提供了安全、優質、高效的空中交通服務。
臺灣當局開放銀行赴大陸設立代表處。
2001年11月
兩岸先後加入世界貿易組織(WTO)。
臺灣擴大“境外航運中心”功能，允許大陸貨物進入出口加工區、工業園區、科技園區、保稅區加工後再出口。
2002年1月
臺灣當局開放兩岸直接貿易，允許雙方直接簽訂貿易合同，臺商可直接到大陸投資，開放臺灣的外匯業務銀行與大陸銀行間辦理通匯業務。
2002年2月
民航總局與臺灣中華飛航管制員協會達成協定，相互交換航行通告和航空氣象情報。
2002年5月
臺灣的“金航二號”直航福州馬尾港接運2300噸自來水運抵馬祖。
2002年6月
國務院臺灣事務辦公室主任陳雲林在會見臺灣政商界“三通”參訪團時指出，“三通”不能實現，受影響最大的是臺商，對臺灣經濟發展也是不利的，同時還造成臺灣民眾每年無謂的經費、精力和時間的浪費。這種狀況不應該再延續下去了。當前，只要把“三通”看作是一個國家內部的事務，就可以通過民間對民間、行業對行業、公司對公司進行協商的辦法，儘快通起來。
2002年7月
澎湖257名信眾乘臺灣“超級星”號客船首次直航福建的泉州港。
2002年8月
臺灣當局開放大陸資本投資臺灣的不動產。
2002年11月
江澤民同志在黨的十六大報告中指出：“實現兩岸直接通郵、通航、通商，是兩岸同胞的共同利益所在，完全應該採取實際步驟積極推進，開創兩岸經濟合作的新局面”。
2003年1月24日
錢其琛副總理在紀念江澤民主席發表《為促進祖國統一大業的完成而繼續奮鬥》講話八週年座談會上指示，儘早實現兩岸直接“三通”，是大勢所趨，人心所向，也是當務之急。“三通”作為經濟性事務，理應以兩岸同胞的切身利益和實際需要為優先，而不應受到任何政治因素的干擾和影響。以民為本、為民謀利，應當是解決“三通”問題的立足點和出發點。“三通”是兩岸之間的事，是經濟問題，“三通”商談不是政治談判，可以不涉及一個中國的政治含義。為早日通起來，協商方式可以儘量靈活，解決辦法應當簡單易行。在兩岸的民間行業組織就“三通”的技術性、業務性問題達成共識後，由各方自行取得確認，就可以通起來。
2003年1月26日至2月10日
近4000位臺商及眷屬從福建省廈門、福州分別乘客船至金門、馬祖，轉乘飛機返臺灣本島過春節。
大陸方面對臺商春節包機和經金門、馬祖返鄉過年給予大力協助，週到服務和妥善安排。
臺灣中華航空公司的飛機經停香港飛抵上海接運臺商返鄉過春節。臺灣共六家航空公司的飛機先後經港澳機場飛抵上海，飛行16班、32架次，往返運送2478位臺商及眷屬。這是臺灣民航飛機首次以正常方式航行大陸。
2003年3月20日
國務院臺灣事務辦公室和民政部聯合頒布《臺灣同胞投資企業協會管理暫行辦法》。
美國向伊拉克開戰，祖國大陸允許臺灣航空公司的飛機飛越祖國大陸空域。
3月27日，臺灣中華航空公司的飛機飛越祖國大陸上空抵達歐洲國家。
2003年5月21日
中國民用航空協會海峽兩岸航空運輸交流委員會副理事長浦照洲表示，我們主張，應本著“直接雙向、互惠互利、利益共用”的原則，推動兩岸貨運包機業務。希望貨運包機比春節臺商包機更進一步，不必捨近求遠經停第三地，兩岸的航空業都能公平參與。
SARS疫情使港臺和澳臺客運航班減少，直接影響到兩岸航空貨物運輸。5月6日，國民黨“立委”章孝嚴推動“兩岸貨運包機直飛”提案，獲朝野129名“立委”聯署支援。臺“陸委會”進行政策評估，5月內將做出決定。
2003年8月13日
陳水扁提出“一個目標、三個階段”的兩岸直航時間表。一個目標是建立兩岸和平穩定的互動架構；三個階段是兩岸貨運便捷階段、明年“大選”後為協商階段、實現階段則在明年底。
2003年8月15日
臺灣“行政院”公佈《兩岸直航之影響評估》，這份報告全文兩萬餘字，64頁，分為六章，包括直航與“三通”的關係、經濟影響評估、安全評估、技術面評估、必須考量的關鍵問題，及應有的方向與準備工作等。提出了三個條件和四項原則。
2003年9月8日
廈門航空港貨站開始運營，該項目是兩岸民航業首次合資項目，總投資兩億兩千多萬元人民幣，總建築面積三萬平方米，一年可吞吐貨物十五萬噸以上。
2003年9月
中國民用航空協會常務理事浦照洲15日針對臺灣當局公佈的“兩岸間接貨運包機”發表談話，無論是定期航班還是不定期包機運輸，均應本著一個國家內部事務，直接雙向、互惠互利的原則處理相關事務。
臺灣“陸委會”宣佈“兩岸間接貨運包機”政策，開放臺方航空業者以“單向、中停港澳往返上海”的方式，進行兩岸貨物運輸。這項措施辦理期間為期一年，臺“交通部”、“民航局”自9月25日起受理業者申請，準備每天一架全貨機。
2003年10月8日
中央電視臺國際頻道播出《兩岸三通》六集電視證論片，包括“三通”由來、通郵通電、通商、海上通航、空中通航、結論等內容，全方位、多視角、歷史性地展現了兩岸“三通”的全貌。
臺灣“立法院”對“兩岸人民關係條例”部分條款進行修改，即建立協商復委託機制，直航許可及管理辦法須在一年半內擬定。
2003年11月
國務院臺辦新聞發言人和民航總局臺辦負責人針對明年臺商春節包機分別發表談話表示，兩岸空中通航應該在直接雙向、互惠互利的基礎上進行，但是臺灣方面仍堅持經停港澳，只允許臺灣的飛機飛大陸，不允許大陸的飛機飛臺灣，這樣就沒有互惠互利可言，與我們一貫原則相違背。但考慮到春節是中國人傳統的節日，臺商希望回家過年，若臺灣當局作出下一次可以對飛的承諾，祖國大陸方面可允許臺灣的航空公司以單方面不經停第三地的方式飛行2004年春節包機，從臺北、高雄至北京、上海、廣州、廈門，並歡迎兩岸的航空業者就技術等問題進行協商。
臺“陸委會”、“交通部”公佈明年春節大陸臺商返鄉專案的相關規定，兩岸間接包機與“小三通”適用對象擴大到“經濟部”核準大陸投資之臺商；間接包機大陸降落點將增加北京，中停點則在港澳之外也增加韓國濟洲島和馬尼拉等第三地，且同意在兩岸協商後，讓大陸航機參與經營春節間接包機，執行時間為明年一月九日至二月二日。由海基會與海協進行協商。
2003年12月17日
國務院臺灣事務辦公室發佈《以民為本，為民謀利，積極務實推進兩岸“三通”》的政策說明書。全文約9500字，除前言及結束語外共有四部分：（1）兩岸“三通”現狀及面臨的問題。（2）實現“三通”符合兩岸同胞切身利益，是兩岸實現互利雙贏的根本途徑。（3）大陸方面關於兩岸“三通”的基本立場和政策主張。（4）兩岸“三通”若干問題的說明。
商務部臺港澳司負責人提出，兩岸間有非常明顯的經濟互補性，我們曾經明確提出建立兩岸經濟合作機制的倡議，現在我們非常歡迎兩岸之間建立更緊密的經貿關係安排進行協商，當前最緊迫的問題是實現兩岸直接“三通”，這是建立兩岸CEPA關係的前提條件。
2004年1月5日
中國民用航空協會致各地臺灣同胞投資企業協會會長的公開信。信中對春節臺商包機的雙向對飛、不經停第三地，以及協商機制等問題加以說明，指出臺灣當局在春節包機問題上所設置的種種障礙。儘管如此，大陸民航和交通部門採取多項措施，滿足在大陸的臺胞回臺灣過年的需求。
2004年1月19日
國務委員唐家璇在江澤民同志對臺重要講話發表九週年座談會上的講話中指出，我們希望儘快實現兩岸全面、直接、雙向“三通”，開創兩岸經濟合作的新局面，造福兩岸同胞。早日實現兩岸全面、直接、雙向“三通”，將大大提高兩岸經濟的競爭力，加快共同發展，促進兩岸經濟的全面提升和振興。這是以民為本、為民謀利、互利雙贏的大好事，不應受到任何人的拖延和阻攔。
2004年3月1日
臺“行政院”擴大“小三通”十項措施：（1）同意以項目審查方式，准許自大陸進口砂石，可經福澳港查驗後，原船運抵東引中柱港、西犬表帆港及東犬猛澳港。（2）規劃開辦金馬轉机旅客行李直挂業務。（3）在總量管制及建立管控機制下，輸入小額小量大陸農、漁產品免稅及簡化通關、檢疫程式。（3）放寬華僑于重要節日，得以團進團出方式項目申請許可由大陸地區入出金門、馬祖。（5）鼓勵臺商子弟返回金門、馬祖接受基礎教育。（6）臺灣地區民眾經申請許可，由金門、馬祖入出大陸地區者，查驗證件將調整以“護照”代替“金馬入出證”。（7）適度開放人員轉机。擴大開放對象包括大陸各地臺商、福建籍老兵及眷屬以及相關商務人員。（8）建立大陸人民來金馬觀光旅遊審查及管理的完整配套。（9）金門水頭港及馬祖福澳港，得依“免稅商店設置管理辦法”規定，向海關申請登記為“免稅商店”等各項措施。（10）放寬澎湖的大陸配偶，納入得由金、馬入出大陸地區的適用範圍。另放寬大陸配偶得由金門、馬祖進入大陸地區，經申請定居取得“臺灣地區居民身份”者，仍得經金、馬入出大陸地區，其臺灣地區配偶或子女亦得同行。
2004年4月1日
福州市、廈門市公安部門開始辦理五年期的《臺灣居民往來大陸通行證》。
2004年5月
臺灣當局開放“兩岸海運便捷化”，即允許國際班輪在同一航次直接挂靠兩岸港口。8月對“境外航運中心設置作業辦法”部分條文修正加以說明，指定基隆港和臺中港（不得與福建港口通航）為“境外航運中心”，可載運大陸與第三地的進出口貨物，經指定的外籍船舶能航行。
2004年12月7日
首批大陸旅遊團55人從廈門乘“同安號”客輪直航金門，在金門度過3天2夜。這是大陸居民第一次以“遊客”的身份乘船直航金門。
2005年1月
海峽兩岸航空運輸交流委員會副理事長浦照洲等，與臺北市航空運輸商業同業公會理事長樂大信等，在澳門就2005年臺商春節包機相關技術性、業務性問題進行了溝通並達成共識。雙方商定：2005年春節包機採取雙方對飛，飛經香港不落地的方式，包機時間自1月29日至2月20日；航點為北京、上海、廣州、臺北、高雄，兩岸各6家航空公司共同參與，雙方各24個往返航班。由於臺方限制，乘客是臺商及家屬。
2005年1月29日至2月20日
2005年臺商春節包機，祖國大陸的民航飛機56年首次直航臺灣。海峽兩岸12家航空公司共執行了48個往返班次，運送旅客10773人。其中，大陸6家航空公司運送旅客5224人，臺灣6家航空公司運送旅客5549人。2005年臺商春節包機安全、順利、圓滿落幕。
2005年3月14日
溫家寶總理在十屆全國人大三次會議記者招待會上表示：只要是對臺灣同胞有利的事情，我們都會去做。第一，要儘快將海峽兩岸的客運包機由“節日化”轉向常態化。第二，要採取措施，解決臺灣特別是臺灣中南部地區農產品到大陸的銷售問題。第三，要儘快恢復和解決大陸漁工到臺灣勞務合作的問題。
（來源：國務院臺辦網站）
