《海峽兩岸關係協會章程》規定，海協會以促進海峽兩岸交往，發展兩岸關係，實現祖國和平統一為宗旨。為實現上述宗旨，海協會致力於加強同贊成該會宗旨的社會團體和各界人士的聯繫與合作；協助有關方面促進海峽兩岸各項交往與交流；協助有關方面處理海峽兩岸同胞交往中的問題，維護兩岸同胞的正當權益。海協會還可接受有關方面委託，與臺灣有關部門和授權團體、人士商談海峽兩岸交往中的有關問題，並可簽訂協議性文件。

    理事會為海協會最高權力機構。上海市原市長汪道涵１９９１年１２月當選為海協會首任會長。２００５年１２月汪道涵逝世後，海協會會長一直懸缺。在３日召開的海協會第二屆理事會第一次會議上，國務院臺辦原主任陳雲林當選為新任會長。

    １９９２年，海協會與海基會在香港就兩岸事務性商談中如何表述堅持一個中國原則的問題進行討論，後來形成“九二共識”，為海協會和海基會的商談奠定了基礎。

    １９９３年４月，海協會會長汪道涵和海基會董事長辜振甫在新加坡舉行會談，這是自１９４９年以來兩岸高層人士首次以民間名義進行的公開會晤。這次會晤建立了兩岸制度化協商的機制，標誌著兩岸關係邁出了歷史性的重要一步。“汪辜會談”簽署了《汪辜會談共同協議》等４項協議，推動了兩岸經貿往來和民間交流的發展。此後，雙方又舉行了２０多次不同層級的商談以及１９９８年在上海舉行的“汪辜會晤”。這一期間兩會協商取得的成果，受到了兩岸同胞的歡迎和國際社會的肯定。

    １９９９年李登輝拋出“兩國論”後，兩會商談被迫中斷。