“海峽交流基金會”（簡稱“海基會”）于1990年11月21日成立，1991年3月9日舉行開幕式，正式掛牌運作。該會分設由43人組成的董事會和由6人組成的監事會；辜振甫擔任首任董事長，該會內設秘書處，文化服務處、經貿服務處、法律服務處、旅行服務處及綜合服務處等6個業務單位，主要功能是接受“陸委會”委託，辦理兩岸交流所衍生的各項事務。
“海基會”依章程規定董事會為基金會之決策機構，掌理基金籌募、保管及運用，秘書長任免，工作方針核定，業務計劃及預算審議等事宜。董事會設董事長一人、副董事長一至三人。
董事會每三個月召開會議一次，由董事長召集併為主席。目前董事會為第六屆，董事長為中國國民黨副主席江丙坤，副董事長為高孔廉、許勝發、張俊宏。高孔廉並兼任秘書長。副秘書長為張樹棣、林淑閔、龐建國。
歷任董事長：
辜振甫（1990年－2005年1月3日）
張俊雄（2005年6月10日－2007年5月）
洪奇昌（2007年7月12日－2008年5月20日）
江丙坤（2008年5月26日－）
