依照道路交通機能，南投縣道路可分為區域性聯外道路及環狀主要聯絡道路，區域性聯外道路呈南北貫穿南投縣，依其穿越地區可區分為高山地區的臺十四線及臺二十一線、平原地區以中投快速公路及東西向快速道路（草屯到漢寶），丘陵地區以臺三號省道為主要聯外道路。
全縣區域性縱向聯絡道路系統計有縣139、縣148、縣149、縣150、縣152號等道路；環狀道路系統有南投市外環道路系統、南投市內環道路系統、草屯鎮外環道路系統、名間鄉外環道路系統、魚池鄉外環道路系統等道路，其餘則賴地方性次要的聯絡道路，交織成一個快速的南投縣區域性道路網。
★高速公路
中部第二高速公路南投段
中二高南投段于2002年6月7日正式通車，南投路段北起彰化縣芬園鄉與南投縣草屯鎮分界點，行經草屯鎮、南投市、中寮鄉、名間鄉、竹山鎮等鄉鎮，迄清水溪南岸雲林縣林內鄉止，長約35.39公里，計有草屯、南投、名間、竹山四個交流道。
“國道”六號南投段（興建中）
自臺中縣霧峰鄉烏溪北岸的二高主線分出，往東沿烏溪經南投縣草屯鎮、國姓鄉、埔裏鎮、銜接東郊臺14線省道止，全長約38公里，沿線起點與第二高速公路交會處設置系統交流道，沿線于東草屯、國姓、愛蘭、埔裏等地設置4處服務性交流道。
★公路
中投公路（臺中－南投）
由臺中市大慶街經大里､彰化芬園進入南投縣，途經草屯、南投市等鄉鎮，道路為二到三車道，為南投縣北向重要快速聯外的幹道。
漢寶－草屯東西向快速公路
為“六年國建”十二條東西快速公路的一條，全長33.9公里，路寬25公尺。其路線起自彰化福興鄉下漢寶附近，東行以隧道貫穿八卦山到南投縣過溝，跨貓羅溪，至與二高相交處的終點，並以匝道與臺14乙新線相接。
臺三線（臺北－屏東縱貫公路）
由臺中縣霧峰經烏溪大橋進入南投縣，途經草屯、南投市、名間鄉、竹山等鄉鎮後，通往雲林縣林內鄉，道路寬度在7∼30公尺，為南投縣丘陵地區與外聯繫的幹道。
臺十四線（彰化縣彰化市－南投縣仁愛鄉）
臺十四線省道起自彰化市經途芬園鄉、草屯鎮、國姓鄉、埔裏鎮、仁愛鄉等鄉鎮，為上述鄉鎮與外聯繫的主幹道，道路寬度為24公尺，在南投縣全長約19公里，經臺14甲線，再連接臺8線後可進入花蓮縣境。
臺十六線
臺十六線為南投縣東西向交通重要幹道之一。該路線西起于名間鄉臺3線232Ｋ處，經集集鎮、水裏鎮、信義鄉地利、合流坪，到丹大林業區，止于七彩湖，為新計劃中的新中橫公路。路寬在名間到水裏段為16公尺，信義鄉之後為6公尺。
臺十八線
臺十八線自信義鄉南部開始，行經高雄縣桃源鄉後進入花蓮縣卓溪鄉。為信義鄉與東邊的花蓮縣的聯絡道路，亦為玉山公園對外聯絡的道路之一。
臺二十一線
為南投縣南北向交通重要幹道，縱貫南投縣生活圈的中央，北接臺中縣中橫公路天冷，南經過埔裏鎮、魚池鄉的日月潭、水裏鄉及信義鄉等鄉鎮。
★鐵路
南投縣觀光鐵道
由彰化縣二水鄉經過該縣名間鄉、集集鎮、至水裏鄉車埕村，全長計29.7公里。通稱為集集支線，火車通車初期以載運工程材料為主，不過隨後亦負擔起運輸沿線鄉鎮旅客、香蕉、稻米、水果和木材的功能，自1985年起因臺16線的通車，公路客運漸漸取代火車的運輸功能，因為火車沿線風景優美，因此，自1990年以後，逐漸轉為觀光旅遊導向的功能。
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