南投的宗教信仰，除原住民的原始宗教信仰外，均係自大陸及荷蘭、西班牙、英國、日本等地傳入的宗教。是以宗教信仰大致可分為傳統宗教、新興宗教、民間信仰三種。
一、傳統宗教：
(一)原住民宗教：宗教思想極為原始，認為神力掌握人之兇吉禍福，乃對神祭祀祈禱，信仰頗深，修持咒術，而各族共通的信仰在於崇拜祖先，其祭祀祈禱的對象，各族並不一致。日人治理原住民，極其嚴酷，故原始宗教漸漸沒落，又因基督、天主教的傳入，致原住民宗教已無法復蘇，甚至瀕臨絕跡。
(二)道教：清初至乾隆間傳入竹山、南投、草屯，為道教廟宇的先驅，一般祭祀以各主神的誕日為主，舉行祈安三獻酬神、梨園演戲慶祝、出巡遊境等活動。近年來，由於經濟富裕，宗教活動頻繁，普遍香火鼎盛，亦有邁向觀光及企業化經營及前往大陸謁祖進香的情形。
(三)佛教：清朝時，臨濟、曹洞二宗派，隨墾民傳入南投，乾隆十七年，觀恩大和尚首創碧山岩寺，邇後各地陸續興建佛寺（堂），其奉祀以觀世音菩薩居首，次為釋迦牟尼佛。以先天派、龍華派、黃教派居多。
(四)天主教：日據時期，由羅多利格士傳入竹山，原以平地傳教為主，光復後始傳入山地鄉。其教會在平地鄉鎮市計有十六所，山地鄉二十八所。
(五)基督教：清同治十年由荷蘭人傳入埔裏平埔族地區，初在埔裏烏牛欄，其次再傳大湳、牛眠二部落及北門等，設立埔裏教會。日人據臺後，始發展至平地鄉鎮，惟基督教教派甚多，平地地區十七所教會中，教派竟達十種，山地地區屬於長老教會的七種教派。
二、新興宗教：
(一)軒轅教：僅有寺廟一所，建於1974年，位在國姓鄉，曰泰華宮，記名信徒九十五人。
(二)一貫道：一貫道由於早期受到查禁，何時傳入南投，已無法查考，惟于查禁之前早已遍及平地鄉鎮。大多以吃菜（素食）名義招攬信徒，以家庭式佛壇傳其道。已完成寺廟登記的有草屯鎮南贍靈隱寺（發一組崇德），名間鄉明本宮（寶光組明本），中寮鄉明善寺（發一組崇德），竹山鎮德化宮等。
三、民間信仰：
明清以來，南投縣的民間信仰多是隨俗而起，當時閩粵移民來臺日眾，遠涉臺海，攸關生命安全，端賴神佛保祐，於是神隨人行，形影不離。凡是駐墾之處，便有崇拜攜帶的神明或香火，其膜拜神佛，上自天公、三界公，下至地方諸神，如媽祖、關聖帝君、城隍、福德、開臺聖王、開漳聖王、輔信將軍、三山國王、慚愧祖師、王爺，稍後亦並祀地方開拓有功者，及無主之大眾爺、褒忠之義民爺、石頭公、大樹公等不一而足。此等信仰，不外與傳統的巫覡、卜筮、巫術相結合，漸漸形成神明會、神壇等，及發展為純寺廟形態的宗教活動。另外齋教的先天派及龍華派，也與民俗信仰有緣不可分的關係，俗信其中亦難免有秘密結社趁機而入。其信仰於今均屬道佛兩教的範疇。
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