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野鳥生態
臺南市擁有豐富的紅樹林濕地與鹽田環境，這些濕地孕育了許多的底棲生物，成了許多水鳥的食物來源。優渥的環境使得該區鳥類繁多。主要以鷸科、鸻科、鷺科、鷗科、雁鴨科為大宗，沿岸防風林、木麻黃樹林聚集小白鷺、夜鷺混居，成為鷺鷥築巢區，林下草澤粟小鷺、喜鵲、翠鳥等也為常見鳥類。
冬季則常見大白鷺及中白鷺在林內棲息，棕背伯勞也屬常見候鳥，以及大魚塭小池塘中悠遊的紅冠水雞。除此尚有海鷗穿梭于沿海及港灣附近，停佇在外海蚵架上，而稀有的鳥類如唐白鷺、巴鴨、黑嘴鷗、高蹺鸻、松雀鷹、燕鸻等也均在該區出現過。
濕地生態
濕地是存在於水域與陸域之間的交會地帶，經常或間歇的被潮汐、洪水淹沒的土地，一般可區分為沿海濕地與內陸濕地。臺江的生態屬於沿海濕地，是隨著海洋潮汐運動而存在的濕地生態體系。
濕地具有過濾污染物的功能，當河水挾帶著污染物流經濕地時，濕地上的水生植物，會使水流速度減緩，吸附重金屬，且讓污染物沉澱在濕地的底部，並借著植物留存氮和磷，來預防水質優氧化。這些植物還可將太陽能轉換微生物量及製造氧氣，來提供魚、蝦、森林、野生動物賴以維生的養分。
濕地上的紅樹林，可防風以降低強風對陸地地上物品的直接傷害。紅樹林的根有防止海岸侵蝕及流失的功能，其豐富的地下含水層還可避免海水入侵，防止地下水鹽化。除了是提供野生動物和魚、貝、蟹類棲息地、調節洪水、凈化水質，生產天然物這些功用外，其特殊景觀還可作為休閒觀光和自然教學所用。
2007年臺灣當局“內政部”營建署進行“臺島重要濕地評選”，由評選小組委員參照“拉姆薩公約判定國際重要濕地準則”針對全臺75個濕地進行審查，評選項目及權重為：生物多樣性(50%)、自然性、代表性及特殊性(30%)、規劃合理性(20%)。評選結果“國際級濕地”2處、“國家級濕地”41處及“地方級濕地”32處。
臺南市四草濕地(四草野生動物保護區)及曾文溪口濕地符合“拉姆薩公約判定國際重要濕地準則”的準則6：經常有超出族群個體1%的某一種（或亞種）水鳥出現的濕地，均獲評為“國際級濕地”，鹽水溪口濕地也獲評為“國家級濕地”。
重要濕地簡介
1.“國際”級濕地——曾文溪口濕地
臺南的曾文溪口黑面琵鷺動物保護區，是臺灣本島黑面琵鷺最重要的度冬區，數量約佔目前全球族群近1800隻的一半，該區周邊的濕地面積3218公頃，在此棲息的其他鳥種以鷸科、鸻科、鷗科、鷺科鳥類為主，常見物種如黑腹濱鷸、東方環頸鸻，珍貴稀有物種包括東方白鸛、黑鸛、白琵鷺、鵠、巴鴨、松雀鷹、灰麵鵟鷹、赤腹鷹、蜂鷹、魚鷹、遊隼、紅隼、諾氏鷸、燕鸻、小燕鷗、短耳鸮。漁業資源包括大鱗鮻、長鰭凡鯔、砂蝦、赤嘴蛤及日本酥豆蛤等。
2.“國際”級濕地——四草濕地
位於臺南市安南區鹿耳門溪東南邊，臺17線省道西南方、鹽水溪和嘉南大排交會處的北方，面積547公頃。四草濕地原為古臺江內海南端的北汕尾沙洲，地名“四草”源於草海桐而得名。植物發現有207種，多為耐鹽、耐強風的草本植物，例如鹽地鼠尾粟、濱水菜、鹽定、海雀稗、蘆葦、苦林盤、土沉香、毛西番蓮、馬鞍藤、黃槿等植物。紅樹林有欖李、水筆仔、海茄苳、紅海欖四種。還有黑面琵鷺、微小扁釘螺、臺灣波浪蛤、臺南秘蛛及大員牙蟲等珍稀動物。濕地的高蹺鸻繁殖區為保護單一鳥種的繁殖區，現委託臺灣濕地保護聯盟認養，進行維護管理工作。
3.“國家”級濕地——鹽水溪口濕地
位於臺南市鹽水溪出海口，面積635公頃，由鹽水溪、嘉南大排流出的淡水在河口和海水相會，形成適合植物及貝類生長的環境，如鹽沼水虻和臺灣花瓣蛤，也是大白鷺及中白鷺的重要繁殖巢區。
紅樹林保護區
紅樹林是泛指一些生長在熱帶、亞熱帶地區的河流及沿海潮間帶泥濘地的常綠灌木或喬木樹林。由於紅樹林的繁殖地深受海水潮汐的影響，因此又稱潮汐林。紅樹林之稱“紅樹”是根據紅樹科植物的特徵，因其木材、樹榦、枝條、花朵均呈紅色，而樹皮可提煉出紅色染料，因而得名。
根據國際紅樹林組織（International Society for Mangrove Ecosystem）所列依其繁殖型態可分為真正紅樹林植物（True Mangrove）與半紅樹林植物（Minor Mangrove）。真正紅樹林植物是指“只生活在河口潮間帶的木本植物，而且具有為適應環境而演化出的氣生根及胎生現象等”。半紅樹林植物則是指“能在潮間帶生長亦能延伸到陸生生態係的植物”。臺灣目前可稱真正紅樹林的植物有紅樹科的水筆仔、五梨跤（紅海欖），與使君子科的欖李，以及馬鞭草科的海茄苳。
而四草大眾廟後方排水道的紅樹林區，是臺南市最佳的紅樹林自然觀察區，在不到兩百公尺的水道旁，分佈著三種紅樹林植物：數量最多的是海茄苳，次為最耐鹽的欖李及少數的五梨跤。在遊灠紅樹林的樹冠層除了能清楚看見紅樹林間活動的鳥類，還能在紅樹林潮溝、紅樹林蔭下見到招潮蟹，而在大眾廟東邊的水道中還可以看到彈涂魚。
半紅樹林植物也有人稱之為廣義的紅樹林或紅樹林伴生植物。屬於木本植物的有：土沉香、黃槿、苦林盤、欖仁、銀葉樹、穗花棋盤腳與棋盤腳等等。屬於草本植物的有：鹽定、鹽地鼠尾粟、濱水菜等等。由於紅樹林生長的環境多在鹽份較一般土地高的河口泥灘地或感潮帶，鄰近也常見海岸沙灘地，所以能在這樣環境中生存的植物也必須具有耐乾旱、耐鹽份等特性，也因此有人稱這些植物為鹽生植物。有些亦寄生或攀著在紅樹林樹上或防風林樹上，如：魚藤、毛西番蓮、濱菟絲子、無根藤等。
鹽田生態
前身為安順鹽場的鹽田生態文化村，是日據時代臺灣第一個制鹽工業區，辟建於1919年，係當時鄰近地區的文化中心。因臺南科技工業區及四草野生動物保護區的先後設立，加上有淹水的疑慮，使得近90年的制鹽歲月走入歷史，而長期以制鹽維生的居民，不得已于2002年10月間相繼遷村。
2002年，為保留制鹽傳統產業，在民間與政府的合作下，規劃出一座沒有圍墻，與自然環境融合的生態博物館——鹽田生態文化村。它連結四草野生動物保護區，總面積有355公頃，現今規劃出瓦盤制鹽產業、鹽田文化、鹽田創意產業等，並結合賞鳥、認識濕地即自然生態等天然資源，所以實為發展成賞鳥觀光區條件最齊全、資源最豐富也最具開發價值的所在地。
除此外，在文化工作者與當地居民合作下，以現有房舍成立文化創意工廠，有刺繡、編織、木工、雕刻等四個工作坊。讓遊客可以親自參與創作，做出屬於自己的作品。
文化村內設有臺江鯨豚館，採團體預約開放制，10 人以上團體需于7 天前提出預約申請(假日及平日均可預約，預約電話：06-3901494) ，個人僅開放假日現場報名參觀。開館時間假日及平日均為上午 9 點到下午 4 點 30 分。參觀臺江鯨豚館免收門票。為確保參觀品質，每梯次入館參觀人數以 40 人為限。自2008年2月1日起該館配合“臺南市四草野生動物保護區總量管制實施要點”開始進行預約登記。
湖濱水鳥公園介紹
安平區湖濱水鳥公園，位於鹽水溪出海口南岸，四草大橋東側到西門小學的溪畔帶狀公園，佔地約八公頃。運用安平港歷風景區計劃經費辟建，為安平港歷史風景區的開發計劃之一。湖濱水鳥公園于2008年1月5日上午舉行竣工落成典禮。為臺南市增添一處賞鳥、生態休憩、自行車運動及好寵物運動的所在。
湖濱水鳥公園建設了長達1800公尺的人行及自行車步道，同時設置賞鳥臺、觀景臺，讓來到水鳥公園的民眾可以用最近的距離觀賞鳥兒的姿態。並在公園內規劃3000多坪的寵物運動公園，讓平常被禁止進入公園內的寵物，可自由自在地在園內奔跑。
備註：
1. 臺南市目前有三塊濕地，一塊是四草濕地、一塊位於土城曾文溪溪畔，另一塊則位於鹽水溪出海口，也是臺南市湖濱水鳥公園的所在地。
2. 全世界有9000多種鳥類，臺灣記錄有500多種，然而在臺南市濕地上就有303種鳥類在此生存，佔全臺灣的五分之三，所以臺南市是臺灣最大物種寶庫。
四草野生動物保護區
四草因為過去盛產一種草海桐而得名，古名亦稱北汕尾(位於安平北方檯江外海鹿耳門之南) 或南汕(安平及七鯤鯓列島統稱)，原先是內海，後來因為臺江的泥沙淤積成四個湖泊，湖中長滿了草，所以叫做四草湖，後來草湖漸漸淤積成了濕地，也就被簡稱為四草。淤積的濕地再被開發為鹽場，是一塊帶有鹽分的濕地環境，周圍為養殖魚塭，每年有不少候鳥來此度冬，並作為遷移時補充體力的休息站，成為亞洲、澳洲候鳥的中繼站。由於四草的生態環境特殊，被列為臺灣四大濕地之一，臺南市政府于1994年11月30日公告成為野生動物保護區，面積為515.1公頃，內有鹽田、水道、運河、溝渠，河口沙洲的潮間帶，皆可供水鳥棲息與覓食。
四草地區原為淤積而成的海埔新生地，目前為臺灣重要的濕地。濕地介於水域及陸域之間，為水鳥、岸鳥等許多鳥類繁殖、覓食或遷徙度冬的活動場所，濕地並孕育了適應力強的動、植物，具有較高的生產力，魚蝦、貝類與底棲生物豐富，可供作鳥類的食物來源，具有極高的生態價值；在四草濕地中紅樹林、招潮蟹、彈涂魚、鹹水吳郭魚是其中主要的生物。
四草野生動物保護區的鳥類超過200種，以候鳥的種類及數量最多，其中有21種瀕臨絕種、稀有的鳥類，如：黑面琵鷺、高蹺鸻、反嘴鸻等，候鳥約佔75％，其餘為留鳥。每年9月?11月為水鳥大量南下的遷移期；過境的候鳥在這裡暫駐、覓食，部份候鳥在此過冬。到了翌年3月下旬-5月中旬，候鳥才北返遷移。四草地區被認為擁有臺灣地區最大的高蹺鸻繁殖族群，其繁殖高峰期約在5月與6月，偏好選擇隆起的土堆且有適當植被覆蓋處築巢。
四草保有的濕地狀態，除了孕育豐富的鳥類資源外，還有百餘種的植物。有許多鹽田，因海岸線西移而無法曬鹽，因而附近的水域長滿紅樹林，包括紅海欖、欖李及海茄苳，另外還有一些鹽生性水草。每年9、10月鹽田池水放幹，淺水期間可提供鳥類更多的食物。
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