2009年4月26日，第三次兩岸兩會領導人會談在南京舉行，簽署《海峽兩岸金融合作協議》、《海峽兩岸空運補充協議》、《海峽兩岸共同打擊犯罪及司法互助協議》等3項協議，就大陸資本赴臺投資達成共識。12月22日，第四次兩岸兩會領導人會談在臺灣臺中市舉行，就兩岸漁船船員勞務合作、兩岸農產品檢疫檢驗合作及兩岸標準計量檢驗認證合作等議題簽署協議。此外會談還確定了第五次會談將於2010年上半年在大陸舉行。除商簽兩岸經濟合作框架協議外，雙方同意將兩岸智慧財產權保護列入商談議題。