臺灣東港區漁會總幹事林漢醜表示，漁民對菲律賓常刁難心知肚明，儘管臺灣“漁業署”常寄發通知，提醒漁民在“重疊海域”作業要小心，但因沒有漁業協議，漁民只能自求多福。
針對臺灣船員被射殺事件，截至9日傍晚，菲律賓海上執法單位包括海軍、海岸防衛隊、水上警察和漁業暨水產資源局，均向臺灣“中央社”記者表示並未接獲相關報告。
菲海軍公共關係處軍官說，“如果軍艦涉及這樣的事件，我們在第一時間就會接到消息”；水上警察也說，“事發海域離岸較遠，我們沒有船在那邊”。
根據遇襲臺灣地區漁民的說法，菲方船艦為白色船身，船上人員身穿橘色背心，而菲國海軍船艦船身為灰色，艦上官兵制服為藍色，漁業暨水產資源局巡邏船多為藍底白身。
報道稱，菲海岸防衛隊官員的船艦及人員制服符合臺灣漁民描述，但官員調閱衛星定位記錄，稱當時沒有海巡隊船艦在事發地點巡邏。
由於菲國執法船不足，有時各單位會採共同作業方式，比如說海巡隊人員可以乘漁業局船隻出巡，或漁業局人員搭海巡隊巡邏艦執勤，因此很難單憑臺灣漁民的說法認定是哪個單位涉入其中。
中方要求菲律賓徹查並說明 兩岸同聲譴責
外交部發言人華春瑩9日晚間就事件答記者問時指出，中方對此表示嚴重關切，我們對開槍射殺臺灣漁民的野蠻行徑表示強烈譴責。中方要求菲方立即進行調查，並儘快作出說明。我們對遇害的臺灣同胞表示深切哀悼，對家屬表示慰問。
國臺辦發言人楊毅9日晚也表示，中方強烈譴責槍殺臺灣漁民的野蠻行徑，要求菲方儘快徹查，給受害漁民一個交代。我們對遇害臺灣漁民同胞表示深切哀悼，對家屬表示慰問。
馬英九9日令外事部門立即向菲律賓表達強烈抗議及譴責，要求菲方必須徹查真相並追究責任，還受害臺灣漁民應有公道。
國民黨籍民意代表蘇清泉發佈新聞稿表示，應立即要求菲國道歉、賠償並追緝、嚴懲兇手，絕不能放任漁民被外國欺壓。
另一位國民黨籍民意代表林鬱方表示，現在較麻煩的是不知哪種船隻開槍，但即使是“重疊水域”，也不應在那裏行兇，處理漁船的方式更不應用這麼可怕的手段。
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