馬英九辦公室及行政機構分別證實，12日上午馬英九辦公室、海巡部門、防務部門和經濟部門，以及臺北市、臺南市和部分民間企業網站受到攻擊，攻擊IP均來自菲律賓。臺灣當局行政機構表示，已要求菲律賓處理攻擊來源IP，若不配合，將考量大規模阻擋菲律賓IP。
據臺灣《中國時報》報道，在臺灣漁民遭菲律賓人員射殺後，臺灣網友發動“鍵盤開戰”，向菲律賓政府、公營機構網站發動DDOS攻擊；菲網友群起反攻，12日已導致馬英九辦公室網站兩度被黑，海巡部門、防務部門和經濟部門也遭到攻擊。
臺灣當局行政機構證實，“政府網際服務網”(GSN)在一接獲機關反應網站服務中斷，就立刻進行查處，隨後發現包括馬英九辦公室、外事部門、防務部門、海巡部門等網站遭受DDOS攻擊，立即通報行政機構資通安全辦公室，經查IP發現都是來自菲律賓的駭客所進行的阻斷式服務攻擊。
行政機構發言人鄭麗文指出，資通辦已採取因應措施，除要求各機構部門及相關業者多加警戒，並取得攻擊IP，提供“政府網際服務網”、各機構部門及資安業者偵測與阻擋之用。
鄭麗文表示，臺當局已向菲律賓“電腦事件處理組織(CERT)”發出通知，請求協助處理攻擊來源IP，如果不配合，即考量大規模阻擋菲律賓IP。
據行政機構提供資料，臺灣網友發起的“鍵盤開戰”，截至12日下午為止，已造成菲數個中央及地方政府通報遭置換網頁或DDOS 攻擊，其中以遭DDOS攻擊較多。
臺灣當局官方和民間網站紛遭網路攻擊，總部設在美國紐約布魯克林區的駭客組織“XL3gi0n”坦承是他們所為。不過，該組織並未說明此舉是否為“報復”臺灣駭客攻擊菲律賓政府網站。
部分臺灣網友12日在“XL3gi0n”的社交網站網頁上留言指責，不料該組織非但不認錯，還變本加厲攻擊更多臺灣民間企業。
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