現代農業的發展不能脫離生態安全和產品安全兩個基本要求，因此，農業污染防治應作為現代農業發展的重要任務之一。由於農業污染不同於工業污染和城市污染，面廣而隱蔽性強，而且還呈現出複雜的立體化趨勢，評估難度大，不適合於建立懲罰型機制。同時，由於農民收入水準低，不可能像對待工業污染那樣進行“污染收費”。因此，必須建立激勵型補償機制，從根本上提高農戶防控污染的積極性。
農業污染防治經濟補償機制實質上是對生態建設與保護所付出的成本(包括放棄發展機會的損失)進行補償。這種補償機制的建立，促使人們由“誰污染誰治理”的懲罰型理念向“誰受益誰付費、誰治理(保護)補償誰”的激勵型理念的轉變，這一轉變有利於打破“先污染後治理”的發展模式。
建立農業污染防治經濟補償機制要做好如下幾個方面的工作：
一是合理確定補償標準。應綜合考慮三個方面的因素：一是被補償者污染防治行為的成本、二是被補償者污染防治行為產生的經濟效益、三是被補償者污染防治行為產生的生態效益。一般來說，如果被補償者污染防治行為產生的經濟效益不能覆蓋其付出的成本，就按實際差額核算基本補償金，這也是補償的下限，然後在此基礎上，加上針對其產生的生態效益所應補償的數額(通常佔生態效益的一定份額，由補償主體和被補償者協商解決)。
二是多方籌集補償資金。首先，農業污染防治存在著“市場失靈”問題，無法單純地依靠市場，而需要政府的介入來彌補市場的缺陷，因此政府財政支付是主要渠道。其次，隨著市場機制的健全，補償資金的市場化籌集將越來越重要，即在可以清晰界定受益者的情況下，根據意願調查(包括支付意願和接受意願)確定不同受益對象的支付標準。
三是正確選擇補償對象。農業污染防治的補償對象主要有兩類，一是生態建設者，如沼氣池的建設與維護者、水源涵養林的種植與管理者。二是生態破壞減少者，如因削減污染導致在品種和生產措施方面受到限制而喪失一定發展機會的農戶。
四是優化組合補償方式。補償方式可分為貨幣補償和非貨幣補償。貨幣補償在現實操作中可形成如補償金、補貼、贈款等方式。非貨幣補償採用多樣化形式，如提供無償技術諮詢和指導、進行實物補償等。在實際操作中，常將各種方式組合起來加以綜合使用，相互彌補缺陷，優化補償效果。(朱立志)
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